微生物群集の16S,ITSおよびショットガンメタゲノム配列決定のための6つのDNA抽出プロトコルの比較【JST・京大機械翻訳】

Shaffer, J. P.; Carpenter, C. S.; Martino, C. P.; Salido, R. A.; Bryant, M.; Sanders, K.; Schwartz, T.; Humphrey, G.; Swafford, A. D.; Knight, R.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202204186300326 整理番号：22P0317428

微生物群集の16S,ITSおよびショットガンメタゲノム配列決定のための6つのDNA抽出プロトコルの比較【JST・京大機械翻訳】

A comparison of six DNA extraction protocols for 16S, ITS, and shotgun metagenomic sequencing of microbial communities

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発行年： 2022年05月17日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年05月17日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

微生物群落は生物の広範な系統発生多様性を含むが,細菌と古細菌の記述には多くの方法中心がある。菌類は,多くの生態系における重要な共生生物であり,病気を引き起こすものを超えるヒトミクロビオームの重要なメンバーである。真菌ITSデータを含む微生物群落の分析を拡張するために,16S rRNA遺伝子アンプリコン及びショットガンメタゲノム配列決定を用いて細菌及び古細菌を記述するための標準化プロトコルに対する5つの候補DNA抽出キットを比較した。宿主関連及び環境試料タイプの多様なパネルを考慮し,コスト,処理時間,井戸汚染,DNA収率,検出限界,及びプロトコル間の微生物群集組成を比較した。すべての基準を通して,MagMAX Microbiomeキットが最良に機能することを見出した。PowerSoil Proキットは,試料当たりのコスト増加と全処理時間で,同等に実行した。Zymo MagBead,NucleMag Food,Norgen Stoolキットを含めた。【JST・京大機械翻訳】

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微生物の生態 , 遺伝学研究法

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