ゲノムグラフはインフルエンザ感染中の活性エピゲノム状態におけるヒト多型を検出する【JST・京大機械翻訳】

Groza, C.; Chen, X.; Pacis, A.; Simon, M.-M.; Pramatarova, A.; Aracena, K. A.; Pastinen, T.; Barreiro, L. B.; Bourque, G.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202204257589969 整理番号：21P0268051

ゲノムグラフはインフルエンザ感染中の活性エピゲノム状態におけるヒト多型を検出する【JST・京大機械翻訳】

Genome graphs detect human polymorphisms in active epigenomic states during influenza infection

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資料名：
発行年： 2022年05月06日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年05月06日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

移動要素挿入(MEIs)を含む遺伝的変異はエピゲノムに影響を与えることが知られている。遺伝的多様性をカプセル化するゲノムグラフの使用は,欠損エピゲノムシグナルを明らかにすることができると仮定した。霊長類自然免疫の進化に対する移動性要素の寄与を考えると,著者らはインフルエンザウイルス感染の前後で35個体から得た単球由来マクロファージにおいてこれを試験した。5140 Alu,316 L1,94 SVAおよび48 ERVを含む,このコホートでの遺伝的変異体を特徴づけた後,それらをゲノムグラフに組み入れた。このグラフへの後成的データのマッピングは,それぞれH3K4me1とH3K27ac ChIP-seqとATAC-seqに対する2.5%,3.0%と2.3%の新規ピークを明らかにした。特に,ゲノムグラフを用いて,定量的形質遺伝子座推定を改変し,活性エピゲノム状態における375多型MEIsを観察した。例えば,クロマチン状態が感染後に変化し,インフルエンザRNA合成を制限する遺伝子であるTRIM25の発現と関連するAluYh3多型を見出した。著者らの結果は,グラフゲノムが他のアプローチによって見落とされた調節領域を明らかにすることができることを示す。【JST・京大機械翻訳】

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, , 【Automatic Indexing@JST】

分子遺伝学一般 , 遺伝子発現 , 発生と分化 , 遺伝的変異

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