特異性:環境および高次元変数に対する特徴特異性解析のためのRパッケージ,マイクロバイオーム種データへの適用【JST・京大機械翻訳】

Darcy, J. L.; Amend, A. S.; Swift, S. O. I.; Sommers, P. S.; Lozupone, C. A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202204262487295 整理番号：21P0271979

特異性:環境および高次元変数に対する特徴特異性解析のためのRパッケージ,マイクロバイオーム種データへの適用【JST・京大機械翻訳】

specificity: an R package for analysis of feature specificity to environmental and higher dimensional variables, applied to microbiome species data

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発行年： 2022年06月12日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年06月12日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

【背景】微生物環境分布に影響する因子は,微生物群構成の駆動要因決定に重要である。これらは温度やpHのような環境変数,地理的距離や宿主種系統発生のような高次元変数を含む。微生物生態学において,「特異性」は共生または宿主寄生相互作用の文脈でしばしば記述されるが,特異性は,種が機会によって予測されるよりも環境変数のより狭い範囲を占める程度を記述するのに,より広く使用できる。ここで述べる標準化を用いて,Raos(1982,2010)二次エントロピーは,多くの異なる環境変数に対する種のような特徴の特異性を計算するために便利に適用できる。【結果】上記の分析を実行するための著者らのRパッケージ特異性を提示し,その適用を実証するために4つの実生活微生物データセットに適用した。天然ハワイ植物の葉内の多くの菌類は,これらの変数が菌類ベータ多様性の以前の分析において最小の重要性を示すにもかかわらず,降雨と標高に強い特異性を持つことを見出した。南極のクライオコナイト孔において,著者らのツールは,多くの細菌が藻類群集構成を共起する特異性を持つことを明らかにした。同様に,ヒト腸ミクロビオームにおいて,多くの細菌は胆汁酸の組成に特異性を示した。最後に,地球Microbiomeプロジェクトデータセットの解析は,ほとんどの細菌が試料タイプに対して強いオントロジー特異性を示すことを示した。また,著者らのソフトウェアは,合成データに関して予想されたように実行した。結論:特異性は,合成テストケース,および多重環境タイプと実験設計の両方において,ミクロビオームデータの分析によく適している。ここで提示した分析とソフトウェアは,コミュニティレベルの展望からは明らかではない微生物分類群のパターンを明らかにすることができる。また,これらの洞察は,特異性のコンパニオンパッケージ,特異性,および特異性を用いて,研究者間で可視化され,相互作用的に共有される。【JST・京大機械翻訳】

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, 【Automatic Indexing@JST】

微生物の生態 , 分子・遺伝情報処理 , 遺伝子の構造と化学

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