抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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Salmonella enterica serovar Typhi(S.Typhi)は糞便汚染食品または水を介して広く分布または近位に伝播し,チフス熱を引き起こす。Samoaでは,水質および衛生改善にもかかわらず,風土病性チフス熱が何十年も持続したが,S.Typhi循環の局所パターンは未解明のままである。2018年4月20日から6月20日まで,疫学データおよびGPS座標を,チフス熱の260の急性症例の家庭調査中に収集し,S.Typhiの27の無症候性シェダーを家庭接触の間で検出した。ケースの空間的および時間的分布を,平均最近傍および空間時間ホットスポット分析を用いて調べた。農村地域では,感染は,Apia都市地域における持続的で,よりクラスタ化されていない症例と対比して,散発性,焦点性クラスタにおいて起こった。2019~2020年の全国的ロックダウン中の人口移動に対する制限は,症例の著しい低下と関連していた。全ゲノム配列(n=186)を有する分離株の系統発生解析は,3つのSamoa-exclusive sub-lineagesを含む1つの優性遺伝子型3.5.4(n=181/186)を明らかにした:3.5.4.1,3.5.4.2,および3.5.4.3。患者の性別,年齢,および地理的領域の変数を,系統発生的グループ化,および労働年齢(20~49歳)を有する都市部における遺伝的に類似の分離株,および家庭で典型的(<5,50+)の年齢層を有する農村地帯において,有意な差異(p<0.05)に関連した。無症候性シェダーからの分離株はすべて3つのサブラインであった。また,全ゲノム配列決定は,1つの単一ヌクレオチド多型差の中央値で,3/3反復陽性(推定再発)と同様に,症例と無症候性シェダーの間の10/12推定疫学結合における細菌遺伝学的類似性を確証した。これらの知見は,ゲノムサブタイプと同様に都市と農村地域の間で異なるSamoaにおけるチフイド伝染の様々なパターンを強調する。家庭調査を通してのみ検出できる無症候性シェダーは,感染の重要な貯留層と移動性薬剤である。本研究は,Samoaにおける現在および将来のチフス監視および制御努力をサポートする「サモアS.Typhiフレームワーク」を進展させた。AUTHOR SUMMARYMany typhimoid地方は,広く分布した汚染水供給および/または散発性発生を間欠的に引き起こす無症候性S.Typhiキャリアからの明白な伝染寄与を有する。しかし,これらのパターンはSamoa島国においてまだ調べられておらず,チフイドは何十年も風土病のままである。本研究では,S.Typhi分離株の全ゲノム配列(WGS)の系統発生と同様に空間-時間クラスター分析の判別能を組み込み,Samoaに発生したチフス熱の培養確認事例の家庭調査を通して集めた詳細な疫学データを,2020年4月2018日から6月20日までに調査した。著者らは,都市と農村地域の間で変化する透過の両モードと一致するパターンを検出し,遺伝的に類似の分離株の家庭内伝染の証拠を提供し,それによって,家庭調査中に作られた推定上の疫学的連鎖の大部分を支持し,S.Typhiの無症状シェダーに対する重要な役割を同定した。これらの知見は,サモアにおける持続的に風土病性チフス熱の理解を進め,サモアの健康省のSamoa Typhoid Fever制御プログラムの努力を直接支持する。【JST・京大機械翻訳】
