Codon統計データベース:Codon利用Biasのデータベース【JST・京大機械翻訳】

Subramanian, K.; Payne, B.; Feyertag, F.; Alvarez-Ponce, D.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202204413674394 整理番号：22P0319538

Codon統計データベース:Codon利用Biasのデータベース【JST・京大機械翻訳】

The Codon Statistics Database: a Database of Codon Usage Bias

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発行年： 2022年03月29日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月29日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

多くのアミノ酸は同義コドンの集合によりコードされる。しばしば,任意のアミノ酸に対して,コドン使用バイアスとして知られる現象である,あるコドンは,他のものより著しく使用される。異なる種のゲノムは,それらが各コドン(例えば,1種で高度に使用されるコドン)を使用する頻度で異なる。さらに,任意のゲノム内で,遺伝子はコドンバイアスの程度で異なり,高発現遺伝子は好ましいコドンを使用する可能性が高い。ある種のゲノムにより優先されるコドンと各遺伝子によって示されるコドンバイアスの量は,複数の応用(例えば,異種発現,遺伝子予測または系統発生推論)を有する。結果:RefSeqにおける参照または代表的なゲノムを持つすべての種に対してコドン使用統計を含むオンラインデータベースであるCodon統計データベースを開発した。ユーザは,任意の種を探索し,2セットのテーブルをアクセスできる。1セットリストは,各コドン,頻度,相対Synonymous Codon Usage(RSCU),コドンが好ましかった。各遺伝子,そのGC含量,Codonsの有効数(ENC),Codon適応指数(CAI),および最適コドン(Fop)の頻度に対する表リストの別のセット。等価表は,1)全ての核遺伝子,2)リボソーム蛋白質をコードする核遺伝子,3)ミトコンドリア遺伝子及び4)葉緑体遺伝子(関連集合で利用できる),にアクセスできる。また,ユーザは分類学的グループ(例えば「プライム」)を探索し,グループ内のすべての種を比較するテーブルを得る。アベイラビリティ:データベースは,http://codonstatsdb.unr.eduでの登録なしでアクセスできない。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学

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