柔軟な蛋白質構造のモンテカルロサンプリング:SARS-CoV-2omicron変異体への応用【JST・京大機械翻訳】

Wong Samuel W. K.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202204687881892 整理番号：22P0276935

柔軟な蛋白質構造のモンテカルロサンプリング:SARS-CoV-2omicron変異体への応用【JST・京大機械翻訳】

Monte Carlo sampling of flexible protein structures: an application to the SARS-CoV-2 omicron variant

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発行年： 2022年01月19日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月04日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

蛋白質は,それらの機能,特に他の分子と相互作用する結合領域において,動的構造柔軟性を示すことができる。COVID-19感染を促進する重要なSARS-CoV-2スパイク蛋白質に対し,研究は,以前に治療重要性のある,何種類かのこのような高度に柔軟な領域を同定した。しかしながら,蛋白質データバンクから利用可能な蛋白質構造は,この柔軟性を適切に描写しない静的スナップショットとして提示され,さらに,これらは新しい変異と変異体とのペースを維持できない。本論文では,与えられたエネルギー関数のBoltzmann分布に従って,蛋白質構造の3-D立体配座空間を広くサンプリングするための逐次モンテカルロ法を示した。この方法は,単一安定構造を予測するための最低エネルギー立体配座の発見に焦点を当てた以前のサンプリング法とは異なる。タイムリーな興味の応用としてSARS-CoV-2ミクロン変異体に関する著者らの方法を例証した。著者らの結果は,ミクロン変異が可能な立体配座の空間に最も影響する重要な領域として配列位置495-508を同定し,それはミクロン変異体の結合特性に関する他の予備的研究の知見と一致する。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子構造 , 蛋白質・ペプチド一般

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