シグフィット:突然変異シグネチャの柔軟なBayes推定【JST・京大機械翻訳】

Gori, K.; Baez-Ortega, A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202204711596371 整理番号：22P0257001

シグフィット:突然変異シグネチャの柔軟なBayes推定【JST・京大機械翻訳】

sigfit: flexible Bayesian inference of mutational signatures

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発行年： 2020年01月17日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年01月17日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

変異シグネチャ分析は,ゲノムへの変異に寄与する過程の変異スペクトルと相対的な曝露を推論することを目的とする。非負行列因数分解または非線形最適化に基づく,署名解析のための異なるモデルを開発した。ここでは,突然変異データから署名のフィッティングと抽出を行うために,Bayes推論を適用する突然変異署名解析のためのRパッケージであるシグフィットを示した。著名な既存のソフトウェアに対するシグフィットの性能を比較し,それがうまく比較することを見出した。さらに,sigfitは,変異署名とより広い生物学的パターンのよりロバストで,強力で多目的なフィッティングと抽出を可能にする新しい確率モデルを導入する。また,パッケージは,ユーザフレンドリーな可視化ルーチンを提供し,他のバイオインフォマティクスパッケージと容易に統合できる。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝的変異 , 分子・遺伝情報処理 , 発癌機序・因子 , 遺伝学研究法

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