ゲノムシデキック:ユーザフレンドリーなエピゲノミクスデータ解析ツール【JST・京大機械翻訳】

Chen, J.; Zhu, A. J.; Packard, R. R. S.; Vondriska, T. M.; Chapski, D. J.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202204742401471 整理番号：22P0334819

ゲノムシデキック:ユーザフレンドリーなエピゲノミクスデータ解析ツール【JST・京大機械翻訳】

genomeSidekick: a user-friendly epigenomics data analysis tool

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発行年： 2022年04月18日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月18日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

エピゲノミクス測定における最近の進歩は,生物学的過程を支配する機構を発見するための焦点分析を必要とするゲノム配列決定データセットの優勢をもたらした。さらに,複数のエピゲノム実験は,同じ研究の中で典型的に実行され,それによって,大きなデータセットから意味のある推論を作る複雑性と困難が増している。配列決定データ解析パイプラインの1つのギャップは,バイオインフォマティクス訓練を持たない科学者のためのゲノムデータを効率よくブラウジングするツールのアベイラビリティである。このギャップを埋めるために,著者らは,研究者が,コマンドラインツールの必要なしで,それらのトランスクリプトミクスとクロマチンアクセシビリティまたはクロマチン免疫沈降データに関して,研究者を可能にするRで書かれたグラフィカルユーザインタフェイスであるゲノムSidekickを開発した。重要なこととして,ゲノムSidekickは,異なるアクセシビリティまたは占有を有する遺伝子またはクロマチンの特徴のアップおよびダウンレギュレーションをリストアップする。インタラクティブ火山プロットを用いたオミクスデータを可視化する。遺伝子オントロジー解析を局所的に実行した。そして,更なる評価のための選択された遺伝子候補のための質問PubMed。出力はユーザインタフェイスを用いて節約でき,ゲノムSidekickの根底にあるコードはカスタム分析に編集できる。要約すれば,ゲノムSidekickは,機構発見を駆動する最終目標と,共有フルージェンシーに,湿潤研究室科学者とバイオインフォマティクスをもたらす。【JST・京大機械翻訳】

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分子・遺伝情報処理 , 遺伝学研究法

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