染色体立体配座捕獲アッセイの系統的評価【JST・京大機械翻訳】

Akgol Oksuz, B.; Yang, L.; Abraham, S.; Venev, S. V.; Krietenstein, N.; Parsi, K. M.; Ozadam, H.; Oomen, M. E.; Nand, A.; Mao, H.; Genga, R. M. J.; Maehr, R.; Rando, O.; Mirny, L.; Gibcus, J. H.; Dekker, J.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202204996453870 整理番号：22P0256629

染色体立体配座捕獲アッセイの系統的評価【JST・京大機械翻訳】

Systematic evaluation of chromosome conformation capture assays

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著者 (16件)： , , , , , , , , , , , , , , ,
資料名：
発行年： 2020年12月27日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年12月27日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

染色体立体配座捕獲(3C)に基づくアッセイを用いてクロマチン相互作用をゲノムワイドにマッピングした。クロマチン相互作用マップの定量分析は,染色体の空間的組織化とそれらが折畳む機構への洞察を導くことができる。in situ Hi-CおよびMicro-Cのような多くのプロトコルが現在広く使用され,これらは架橋化学およびクロマチンフラグメンテーション戦略を含む重要な実験パラメータで異なる。実験プロトコルの選択がどのように染色体折畳みの側面を検出し,定量化する能力を決定するかを理解するために,3Cベースプロトコルの実験パラメータの系統的評価を行った。異なるプロトコルが異なる効率で異なる3Dゲノム特徴を捕捉することを見出した。第1に,ホルムアルデヒドに加えてDSGのような架橋剤の使用は,数千の付加的ループの検出を可能にし,コンパートメント信号を強化するための信号雑音を改善する。第2に,MNaseを用いたヌクレオソームレベルへのクロマチンの断片化は,より多くのループの検出を可能にする。一方,より大きなマルチkbフラグメントを生成するプロトコルは,より強い区画化信号を生成する。複数細胞型と細胞周期段階に対する結果を確認した。染色体折畳みにおける細胞型特異的定量的差異が,いくつかのプロトコルにより検出あるいは過小評価されないことを見出した。これらの洞察に基づいて,クロマチンループを効率的に検出でき,区画化を定量化する単一プロトコルであるHi-C3.0を開発した。最後に,本研究では,4D Nuclome Projectにおいて一般的に使用される細胞株に対して,従来のHi-C,Micro-CおよびHi-C3.0を用いた超深く配列された参照相互作用マップを作成した。【JST・京大機械翻訳】

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, 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学 , 分子遺伝学一般

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