メタPR2  真核生物18S rRNAメタバーコードのデータベースは原生生物に重点をおいた【JST・京大機械翻訳】

Vaulot, D.; Sim, C. W. H.; Ong, D.; Teo, B.; Biwer, C.; Jamy, M.; Lopes dos Santos, A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202205101010339 整理番号：22P0314412

メタPR2 真核生物18S rRNAメタバーコードのデータベースは原生生物に重点をおいた【JST・京大機械翻訳】

metaPR2: a database of eukaryotic 18S rRNA metabarcodes with an emphasis on protists.

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発行年： 2022年02月07日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月07日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

近年,メタバーコーディングは,微生物真核生物コミュニティの構成と組立を研究するための選択の方法となり,環境データセットの数が増加している。非処理配列ファイルはしばしば公的に利用可能であるが,処理データ,即ち,操作分類単位(OTU)またはアンプリコン配列変異体(ASV)としてクラスタ化された配列は,比較可能なフォーマットで手で稀である。これは,異なる環境とデータセットの間の比較研究を妨げ,例えば,特定のグループ/種の生物地理学的パターンを調べ,これらのグループ内のミクロ遺伝的多様性を分析する。ここでは,PR2参照配列データベースで注釈付けされた処理18S rRNAメタバーコードの新しく組み立てられたデータベースを提示する。メタPR2と呼ばれるこのデータベースは,4,000以上のサンプルと73000のASVに対応する41のデータセットを含んでいる。データベースは,Webベースインタフェイス(https://shiny.metapr2.org)とRパッケージの両方を通してアクセス可能であり,様々なシステムにおける原生多様性に関するすべての研究者にとって非常に有用であることを証明すべきである。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝学研究法 , 遺伝子の構造と化学

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