SARS-CoV-2のプロテオゲノミクス解析:SNPs,COVID-19プロテオームおよび宿主応答の臨床景観【JST・京大機械翻訳】

Tushir, S.; Kamanna, S.; Nath, S. S.; Bhat, A.; Rose, S.; Aithal, A. R.; Tatu, U.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202205193175258 整理番号：22P0272433

SARS-CoV-2のプロテオゲノミクス解析:SNPs,COVID-19プロテオームおよび宿主応答の臨床景観【JST・京大機械翻訳】

Proteo-genomic analysis of SARS-CoV-2: A clinical landscape of SNPs, COVID-19 proteome and host responses

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発行年： 2020年11月30日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年11月30日
JST資料番号： O7002B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

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新たな重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2(SARS-CoV-2)は,COVID-19の原因薬剤であり,世界的な健康挑戦である。ウイルス疾患生物学を理解するために,著者らは,臨床ゲノムおよびプロテオームを調べるために,COVID-19患者の鼻咽頭スワブに関する次世代シークエンシング(NGS)および質量分析を用いてプロテオゲノム解析を行った。本研究では,複数のSNPを示すSARS-CoV-2の超変異性を確認した。NGS分析は,14が同義である27の突然変異を検出し,11はミスセンスであり,2つは本質的に遺伝子外であった。SARS-CoV-2分離株の系統発生解析は,バングラデシュ分離株と国内の分離株の多重起源との密接な関係を示した。著者らのプロテオーム解析は,初めて臨床スワブから13の異なるSARS-CoV-2蛋白質を同定した。HRMSにより捕捉された全41ペプチドのうち,8つはヌクレオカプシド蛋白質,2からORF9b,1からスパイク糖蛋白質及びORF3aに一致し,残りのマッピングはORF1abポリ蛋白質であった。さらに,宿主プロテオーム解析は,COVID-19患者において特異的に発現するいくつかの重要な宿主蛋白質を明らかにした。これら蛋白質の経路分析は,特に好中球とIL-12が仲介するシグナリングに関わる,免疫反応の調節を示す。宿主-ウイルス病因の側面を明らかにして,著者らの研究は,より良い診断マーカーと治療法を開発するための新しい道を開いた。【JST・京大機械翻訳】

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ウイルスの生化学

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