EchinoDB  エキノデルムのゲノムおよびトランスクリプトームデータに対するウェブベースアプリケーションの更新【JST・京大機械翻訳】

Mittal, V.; Reid, R. W.; Jacob Machado, D.; Mashanov, V.; Janies, D. A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202205684349592 整理番号：22P0031489

EchinoDB エキノデルムのゲノムおよびトランスクリプトームデータに対するウェブベースアプリケーションの更新【JST・京大機械翻訳】

EchinoDB: An update to the web-based application for genomic and transcriptomic data on Echinoderms.

出版者サイト {{ this.onShowPLink() }} 複写サービスで全文入手
高度な検索・分析はJDreamⅢで

この文献はプレプリントです。プレプリントについてはこちらをご確認ください。

著者 (5件)： , , , ,
資料名：
発行年： 2022年01月05日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月05日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

ここでは,EchinoDB(https://echinodb.uncc.edu)の新しいバージョンを放出する。EchinoDBは,棘皮のゲノムおよびトランスクリプトームデータのデータベースである。初期データベースは,配列類似性によってオルソクラスタに配列された749,397のオルソログおよびパラログ転写産物のグループから成った。EchinoDBの新バージョンは,緑色ウニLytechinus variegatusの脆性星Ophioderma brevispinumのRNA-seqデータと高品質ゲノム集合データを含む。さらに,注釈付きデータに対するキーワード検索を可能にし,BLAST検索を可能にするための配列サーバの更新版をインストールした。データはFASTAフォーマットでダウンロード可能である。EchinoDBの最初のバージョンは2016年に出現し,ローカルサーバ上でGOに実装された。新しいバージョンは,アプリケーションにおける新しい特徴と改善を含むために,R Shinyを用いて更新された。さらに,EchinoDBは,現在,信頼性とスケーリングの増加のために,クラウド内で完全に稼働している。EchinoDBは,系統発生学,発生生物学,ゲノミクス,生理学,神経生物学および再生の分野から引き出されるユーザベースを楽しんでいる。使用事例として,EchinoDBが組織再生過程に関与する経路と遺伝子調節ネットワークの発見にいかに使用されるかを説明した。【JST・京大機械翻訳】

, , , , , , , , , ,
, , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 遺伝子の構造と化学

, ,

前のページに戻る