KMCP:偽マッピングによる原核生物とウイルス集団の両方の正確なメタゲノムプロファイリング【JST・京大機械翻訳】

Shen, W.; Xiang, H.; Huang, T.; Tang, H.; Peng, M.; Cai, D.; Hu, P.; Ren, H.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202205688313517 整理番号：22P0317325

KMCP:偽マッピングによる原核生物とウイルス集団の両方の正確なメタゲノムプロファイリング【JST・京大機械翻訳】

KMCP: accurate metagenomic profiling of both prokaryotic and viral populations by pseudo-mapping

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発行年： 2022年11月30日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年11月30日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

微生物参照ゲノムの生育数の増加は,メタゲノムプロファイリング精度の改善を可能にするが,分類効率,データベースサイズ,および分類学的プロファイラの実行時間に関するより大きな要求を課す。さらに,ほとんどのプロファイラは,主に細菌,古細菌,および真菌個体群に集中し,一方,ウイルスコミュニティには注意が払われていない。【結果】著者らは,参照ゲノムをチャンクに分割することによって,ゲノムカバレッジ情報を利用する新規k-merベースのメタゲノムプロファイリングツール,KMCPを提示し,次に,高速アラインメントフリー配列探索のための修正および最適化COBSインデックスにおけるk-mersを貯蔵する。KMCPはk-mer類似性とゲノムカバレージ情報を組み合わせて,k-merベースの分類とプロファイリング法の偽陽性率を減少させた。模擬および実データに基づくベンチマーク結果は,KMCPが,他の全ての方法よりも長い実行時間にもかかわらず,原核生物およびウイルス集団の正確な分類学的プロファイリングを可能にするだけでなく,低深度の臨床試料での信頼できる病原体検出も提供することを示した。アベイラビリティと実装は,MITライセンスの下でオープンソースであり,https://github.com/shenwei356/kmcpで利用可能である。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理

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