ニッチによる単一細胞および空間トランスクリプトミクスにおける細胞-細胞相互作用の包括的可視化【JST・京大機械翻訳】

Raredon, M. S. B.; Yang, J.; Kothapalli, N.; Lewis, W.; Kaminski, N.; Niklason, L. E.; Kluger, Y.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202205838060990 整理番号：22P0313138

ニッチによる単一細胞および空間トランスクリプトミクスにおける細胞-細胞相互作用の包括的可視化【JST・京大機械翻訳】

Comprehensive visualization of cell-cell interactions in single-cell and spatial transcriptomics with NICHES

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発行年： 2022年08月01日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年08月01日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

要約:近年,単一細胞データから細胞-細胞相互作用を明らかにするいくつかのツールセットの放出が見られた。しかし,全ての既存のアプローチは平均細胞型遺伝子発現値を利用し,元のデータの単一細胞忠実度を保存しない。ここでは,真の単細胞レベルで細胞外シグナル伝達を探索するためのツールであるNICHES(細胞外シグナル伝達におけるNiche相互作用とコミュニケーション異質性)を提示する。NICHESは,細胞クラスタ間,および実験条件にわたって,リガンド-受容体シグナル指標を細胞クラスタ内の不均一シグナリングアーキタイプを可視化することを可能にする。空間トランスクリプトームデータに適用した場合,NICHESは局所細胞微小環境を反映するのに使用できる。NICHESは,リガンド-受容体シグナル伝達機構の任意のリストで操作でき,既存の単一細胞パッケージおよび擬似時間技術と互換性がある。NICHESは,また,単一細胞解像度での細胞-細胞シグナル伝達の迅速分析を可能にする,ユーザーに優しい拡張可能なプログラムである。アベイラビリティと実装:NICHESは,アカデミックフリーライセンスv3.0の下でRに実装されたオープンソースソフトウェアであり,それは,ギトブ・コ/ムラドロン/NICHESで利用可能である。https://msraredon.github.io/NICHES/では,使用ケースのベネットが利用可能である。接触:michasam.raredon@yale.edu;Yuval.kluger@yale.edu.【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , 【Automatic Indexing@JST】

生物学的機能 , 細胞生理一般 , 分子・遺伝情報処理

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