RSVdb:トランスクリプトームRNA構造の包括的データベース【JST・京大機械翻訳】

Yu, H.; Zhang, Y.; Sun, Q.; Gao, H.; Tao, S.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202205922266196 整理番号：22P0258288

RSVdb:トランスクリプトームRNA構造の包括的データベース【JST・京大機械翻訳】

RSVdb: A comprehensive database of transcriptome RNA structure

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発行年： 2020年02月28日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年02月28日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

RNAは複合体RNA構造への折畳みにより細胞において重要な調節的役割を果たす。今日まで,化学化合物,硫酸ジメチル(DMS)が,トランスクリプトームレベルでRNA構造を効果的にプローブするために開発された。トランスクリプトームRNA構造のブラウジングと可視化のためのデータベース,RSVdb(https://taolab.nwafu.edu.cn/rsvdb/)を提案した。8つの種における178の試料から検証されたDMS反応性を有する626,225のRNAを含むRSVdbは,4つの主な機能,すなわち情報検索,研究概要,構造予測,および資源ダウンロードをサポートする。ユーザは,対象の種,研究,転写物および遺伝子を探索することができる。配列決定データの品質管理とRNA構造情報の統計的チャート;in silicoでのRNA構造のオンライン予測と,異なる実験処理のDMS拘束下で行った。そして,種および研究のためのRNA構造データをダウンロードした。まとめると,RSVdbはRNA構造に対する参照を提供し,トランスクリプトームレベルでのRNA構造の機能に関する将来の研究を支持するであろう。【JST・京大機械翻訳】

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, , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 遺伝子発現

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