αFoldはde novoデザイン蛋白質のオリゴマー状態に基づく明確な立体配座を正確に予測する【JST・京大機械翻訳】

Cummins, M. C.; Jacobs, T. M.; Teets, F. D.; DiMaio, F.; Tripathy, A.; Kuhlman, B.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202206115893671 整理番号：22P0314222

αFoldはde novoデザイン蛋白質のオリゴマー状態に基づく明確な立体配座を正確に予測する【JST・京大機械翻訳】

AlphaFold accurately predicts distinct conformations based on oligomeric state of a de novo designed protein

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発行年： 2022年02月03日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月03日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

分子モデリングプログラムRosettaを用いて,ヘテロ三量体G蛋白質Gqに結合するSEWN0.1と呼ばれるde novo蛋白質を設計した。この設計は,螺旋,よく折りたたまれ,主として10uMの濃度で溶液中で単量体である。しかし,SEWN0.1の結晶構造を解いた場合,結合Gqとのコンホメーションにおいて二量体を認めた。非意図的に,そのオリゴマ状態に依存して交互立体配座を採用する蛋白質を設計した。最近,人工知能における新しい方法として蛋白質構造予測の分野で大きな進歩があり,高精度で構造を予測するのに用いられてきた。構造予測法アルファFoldがSEWN0.1の構造を予測でき,もし予測がオリゴマ状態に依存するならば,著明であった。αFoldが単量体SEWN0.1の構造を予測するために使用されたとき,それはRosetta設計モデルに似ているモデルを作り,結合Gqと互換性があったが,二量体の構造を予測するために用いたとき,SEWN0.1結晶構造に密接に似ている立体配座を予測した。単一蛋白質配列に対する多重立体配座を予測するαFolds能力は,蛋白質スイッチのエンジニアリングに有用である。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子構造

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