Belayer:空間分解トランスクリプトミクスからの遺伝子発現における離散および連続空間変動のモデリング【JST・京大機械翻訳】

Ma, C.; Chitra, U.; Zhang, S.; Raphael, B. J.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202206780873274 整理番号：22P0314493

Belayer:空間分解トランスクリプトミクスからの遺伝子発現における離散および連続空間変動のモデリング【JST・京大機械翻訳】

Belayer: Modeling discrete and continuous spatial variation in gene expression from spatially resolved transcriptomics

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発行年： 2022年07月25日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年07月25日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

空間分解トランスクリプトミクス(SRT)技術は,組織切片の既知位置で遺伝子発現を測定し,空間的に変化する遺伝子または細胞型の同定を可能にする。これらの課題に対する現在のアプローチは,遺伝子発現が組織を通して連続的に変化するか,あるいはスライスが明確な細胞組成を有する少数の領域を含むと仮定する。表現における連続および離散空間変動と,層状組織からこのモデルのパラメータを推定するためのアルゴリズム,Be層の両方を含むSRTデータのモデルを提案した。Be層は,層境界で可能な不連続性を持つ組織層の相対深さの区分的線形関数としての遺伝子発現モデル遺伝子発現である。相対深さをモデル化するために共形写像を使用し,層境界と遺伝子発現関数を推論するための動的計画法アルゴリズムを導いた。Be層は,組織層を正確に同定し,脳および皮膚組織試料からのSRTデータにおいて,生物学的に意味のある空間的に変化する遺伝子を推論する。【JST・京大機械翻訳】

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, , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現 , 分子・遺伝情報処理

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