バルクおよび単一細胞RNA-seqの統合は特異的C.elegansニューロンのトランスクリプトームプロフィールを精密化する【JST・京大機械翻訳】

Barrett, A.; Varol, E.; Weinreb, A.; Taylor, S. R.; McWhirter, R.; Cros, C.; Basavaraju, M.; Poff, A.; Tipps, J. A.; Majeed, M.; Vidal, B.; Wang, C.; Yemini, E.; Bayer, E. A.; Sun, H.; Hobert, O.; Miller, D. M.; Hammarlund, M.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202206937772477 整理番号：22P0330520

バルクおよび単一細胞RNA-seqの統合は特異的C.elegansニューロンのトランスクリプトームプロフィールを精密化する【JST・京大機械翻訳】

Integrating bulk and single cell RNA-seq refines transcriptomic profiles of specific C. elegans neurons.

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資料名：
発行年： 2022年04月08日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月08日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

ニューロン特異的形態と機能は基本的に神経系の遺伝子発現の差と結びついている。著者らは以前に,C.elegans hermaphroditeにおけるすべての解剖学的ニューロンクラスに対する単一細胞RNA-seqデータセットを作成した。ここでは,C.elegansの118のニューロンクラスのうち41のバルクRNA-seq試料の相補的セットを示した。バルクデータセットは単一細胞データセットで見逃される低発現及び非コードRNAの両方を捕捉するが,他の細胞型による汚染による偽陽性も含むことを示した。単一細胞RNA-seqデータの低感受性とバルクRNA-Seqの減少した特異性の両方を効果的に解決する統合分析戦略を提示した。この統合データセットは転写検出の感度と精度及び差次的発現遺伝子の定量化を増強することを示した。このアプローチが,トランスクリプトミクス研究のための古い(バルク)と新しい(単一細胞)方法論の間のギャップを架橋することにより,遺伝子発現を干渉する新しいツールを提供することを提案する。これらのデータセットは,C.elegansにおけるニューロン形態と連結性を定義する機構を描写する目標を前進させることを示唆する。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 遺伝子発現

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