Yクローン:ハイスループット免疫グロブリンレパートリー配列決定データからのB細胞クローンの超高速クラスタ化【JST・京大機械翻訳】

Gervasio, J.; Ferreira, A.; Felicori, L.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202207097157985 整理番号：22P0315685

Yクローン:ハイスループット免疫グロブリンレパートリー配列決定データからのB細胞クローンの超高速クラスタ化【JST・京大機械翻訳】

Yclon: Ultrafast clustering of B cell clones from high-throughput immunoglobulin repertoire sequencing data

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発行年： 2023年05月17日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2023年05月17日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

次世代配列決定技術は,種々の免疫状態における免疫グロブリン(Ig)プロファイルの理解を転換した。Ig配列をB細胞クローンにグループ化するクローンタイピングはレパートリーの多様性と抗原曝露の変化の調査に重要である。その重要性にもかかわらず,クロノタイピングのための広く受け入れられる方法はなく,既存の方法は大規模配列データセットに対して計算的に集約的である。【結果】この課題に取り組むために,著者らは,Igレパートリーデータのクローニングのための迅速で効率的なアプローチであるYClonを導入した。YClonは,他の方法と同様に階層的クラスタリングアプローチを用いて,高感度かつ特異的にB細胞クローンにIg配列をグループ化する。特に,著者らのアプローチは,分析したレパートリーの処理において30から5000倍速い他の方法より優れている。驚くべきことに,YClonは,標準ラップトップコンピュータ上で2百万Igシーケンスまで無努力に処理できる。これは,大きく多数の抗体レパートリーの徹底的な分析を可能にする。アベイラビリティと実装YClonをPython3に実装し,GitHub(https://github.com/jao321/YClon.git)接触:joaodgervasio@gメール.com,liza@icb.ufmg.br.【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 抗原・抗体・補体の生化学 , 生体防御と免疫系研究法 , 抗原・抗体・補体一般

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