ヒト「コンタミノーム」:1,000家族の全ゲノム配列における細菌,ウイルス,および計算汚染【JST・京大機械翻訳】

Chrisman, B.; He, C.; Jung, J.-Y.; Stockham, N.; Washington, P.; Paskov, K.; Wall, D. P.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202207213596380 整理番号：22P0313976

ヒト「コンタミノーム」:1,000家族の全ゲノム配列における細菌,ウイルス,および計算汚染【JST・京大機械翻訳】

The Human "Contaminome": Bacterial, Viral, and Computational Contamination in Whole Genome Sequences from 1,000 Families

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発行年： 2022年02月02日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月02日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

【背景】全ゲノム配列決定データの未マッピング読取空間は大きい傾向があるが,しばしば無視される。著者らは,それがヒト感染と汚染の両方の貴重なシグナルを含むことを提唱する。1000以上のファミリーと5000の個体の全ゲノム配列(WGS)から非マッピングと不十分に配列された読取を用いて,全ゲノム配列決定研究をペストする一般的なウイルス,細菌,およびコンピュータ汚染への洞察を提示する。結果:いくつかの注目すべき結果を示した。(1)Epstein-BarrウイルスやphiXなどの既知汚染物質に加えて,全血とリンパ球細胞株からの配列は,貯蔵,プレップ,および配列決定パイプラインに由来すると思われる多くの他の汚染物質を含む。(2)試料の配列プレートと生物学的試料源は汚染プロファイルに強く影響する。(3)ヒト参照ゲノム上のY染色体断片は,細菌参照ゲノムに共通して誤マップする。結論:実験由来および計算汚染は,次世代シークエンシングデータで顕著である。このような汚染は,WGSとメタゲノム研究からの結果を損なうことができ,汚染の同定と除去のための標準プロトコルを開発し,配列決定に基づく研究,ゲノムWGS汚染の忠実度を確実にした。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学

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