抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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マイクロRNAは,それらの標的mRNAとの相補的塩基対を介した遺伝子発現を調節する低分子RNAである。ペアリング領域の小サイズ及び各マイクロRNAが制御できる多数のmRNAを与えられた場合,生物学的に関連する標的の同定は困難である。標的認識と抑制の現在の知識はin vitro研究に主に依存するので,非摂動組織の遺伝子発現データの質問がこれらの過程に新しい洞察をもたらすかどうかを決定することを試みた。PRAD-TCGA組織(RNA-seqおよび546試料の小RNA-seqデータ)における転写物の豊度間の正規化Spearman相関(Zスコア)として,全てのマイクロRNA-mRNA正準相互作用部位(種子および3つの補足領域,唯一の塩基相補性により同定された)のトランスクリプトームワイド抑制を計算した。得られた抑制値を用いて,遺伝子領域(3UTR>CDS>5UTR)の優先性,抑制と種子長(6mer<7mer<8mer)の対応,およびマイクロRNAのヌクレオチド13-16での3補充対合により発揮される抑制への寄与のような,確立された特性またはマイクロRNA標的化有効性を確認した。著者らの結果は,7mer-A1種子が7mer-m8より抑制性があり,一方,それらが3-supmentary対合を用いて相互作用するとき,類似の有効性を有することを示唆する。6mer+suppl部位は,唯一の7mer-A1種子に類似した抑制の正規化Zスコアをもたらし,その潜在的生物学的関連性を警告した。次に,著者らは,抑制性の3つの補足的相互作用を保持する39のマイクロRNAを使用して,3つの補足的ペアリングをさらに特徴づけるために,アプローチを使用した。種子と3つの補足的ペアリングサイトの間の橋の解析は,以前に証明された最適+1オフセットを確認したが,より高いオフセットは類似の抑制強度を持つように見えた。選択したマイクロRNAは,配列モチーフ同定を可能にする13~16位の低GC含量と塩基選択を示した。本研究は,大きな,マッチしたRNA-seqおよび小RNA-seqデータにおけるマイクロRNA-mRNA相関のトランスクリプトームワイド分析は,in vivo非摂動セットで作用するマイクロRNA標的化決定因子のヒントを明らかにすることができることを示す。最後に,著者らは,種子と3補足領域の配列相補性に基づくマイクロRNA-mRNA候補相互作用を同定するためのバイオインフォマティクスツールを提供した。【JST・京大機械翻訳】
