遺伝子-遺伝子相互作用の進化距離:統計的不確実性下の推定【JST・京大機械翻訳】

Gu, X.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202207385379500 整理番号：22P0228012

遺伝子-遺伝子相互作用の進化距離:統計的不確実性下の推定【JST・京大機械翻訳】

Evolutionary Distance of Gene-Gene Interactions: Estimation under Statistical Uncertainty

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発行年： 2020年03月09日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年03月09日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

相互作用主題Xに対する遺伝子Aの機能的相互作用を考察した。例えば,もしXが組織にあれば,Xが遺伝子または組織相互作用(発現状態)を表すならば,遺伝子-遺伝子相互作用である。最も単純な場合,このA-X相互作用の状態は,それらが相互作用するか,あるいはr=0のとき,r=1である。分子進化における基本的問題は,それらの機能的重複が相互作用ネットワークによりどの程度か,2つの相同(オルソログまたはパラログ)遺伝子AとBを与える。一組の相互作用被験者(X1,...XN)を考えると,Markov連鎖モデルによって遺伝子AとBの間の相互作用距離(IAB)を計算するのは簡単である。しかしながら,高スループット相互作用データが常に高レベルのノイズを含むので,各遺伝子に対するr=1またはr=0の信頼できる推論は,大きな課題のままである。その結果,推定相互作用距離(IAB)は,いくつかの任意の対象となる相互作用推論のカットオフに非常に敏感である。本論文では,p値(有意レベル)に基づくIABを推定するための統計的手法を開発することによりこの問題に対処した。計算機シミュレーションを行い,相互作用ネットワークの不確実性に対する異なるp値変換の性能を評価した。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

進化論一般 , 遺伝子発現 , 分子・遺伝情報処理

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