小RNA配列決定データにおけるZSWIM8仲介マイクロRNA分解の一次基質を同定するための統計的アプローチ【JST・京大機械翻訳】

Wang, P. Y.; Bartel, D. P.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202207439892143 整理番号：22P0315715

小RNA配列決定データにおけるZSWIM8仲介マイクロRNA分解の一次基質を同定するための統計的アプローチ【JST・京大機械翻訳】

A statistical approach for identifying primary substrates of ZSWIM8-mediated microRNA degradation in small-RNA sequencing data

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発行年： 2022年02月19日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月19日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

【背景】調節因子の標的を同定するためのOne戦略は,因子を破壊し,ハイスループットRNA配列決定を用いて結果を調べる。しかし,二次効果および実験ノイズからの直接ターゲットを識別することは,交絡信号が様々なレベルでバックグラウンドに存在するとき,挑戦的である。【結果】ここでは,ZSWIM8により媒介された標的指向miRNA分解(TDMD)の一次基質であるマイクロRNA(miRNA)を同定するための統計的モデリング戦略を提示する。この方法は,一次信号がZSWIM8の喪失で上方制御されないという期待を,バックグラウンド信号成分から一次分離するために,バイベータ均一混合物(BBUM)モデルを使用する。BBUMモデル戦略は,以前のアドホックアプローチの見かけの感度と特異性を保持したが,異常値に対してよりロバストであり,より一貫したストリング性を達成して,偽発見率(FDR)の単一カットオフを用いて実行することができた。結論:異なる発現データにおける背景二次信号を説明するロバストな統計的モデリング戦略であるBBUMモデルを開発した。それはTDMDの一次基質の同定に良好に機能し,一次調節標的がアップレギュレートされるか,またはダウンレギュレートされる他の応用に有用である。BBUMモデル,FDR補正アルゴリズム,および有意性検定法は,https://github.com/wyppeter/bbumでのRパッケージとして利用可能である。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現 , 遺伝子の構造と化学 , 植物生理学一般

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