ショットガンメタゲノム読み取りの系統学的多様性解析は離乳後ブタにおける腸内マイクロバイオーム発生および治療効果を記述する【JST・京大機械翻訳】

Gaio, D.; DeMaere, M. Z.; Anantanawat, K.; Eamens, G. J.; Zingali, T.; Falconer, L.; Chapman, T. A.; Djordjevic, S. P.; Darling, A. E.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202207447858620 整理番号：22P0242392

ショットガンメタゲノム読み取りの系統学的多様性解析は離乳後ブタにおける腸内マイクロバイオーム発生および治療効果を記述する【JST・京大機械翻訳】

Phylogenetic diversity analysis of shotgun metagenomic reads describes gut microbiome development and treatment effects in the post-weaned pig

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発行年： 2022年02月03日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月03日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

【背景】強化農業慣行は,抗生物質が使用される感染剤への動物の曝露を増加させることができる。抗菌剤耐性(AMR)に加えて,経口投与された抗生物質は,異常症を引き起こすことがよく知られている。ジスビオティック効果に対抗するため,過去20年間の多くの研究は,プロバイオティクスが抗生物質処理後に健康な腸微生物群を再確立するための有効なツールであるかどうかを理解することを追求した。しかし,抗生物質の共生効果はよく調べられているが,腸ミクロビオームに対する筋肉内抗生物質治療の効果についてはほとんど知られておらず,系統発生多様性解析技術を用いて治療効果の研究を試みた研究はほとんどない。本研究では,生後3週と9週の間の離乳後子豚の発育中の腸ミクロビオームに及ぼす2つのプロバイオティックおよび1つの筋肉内投与抗生物質処置の効果を決定することを試みた。【方法】126匹の子ブタと42匹の雌ブタに由来する800の糞便時系列試料からのショットガンメタゲノムシーケンスを,離乳後の子豚の発育中の腸の微生物群集組成を特徴づけるために,系統発生フレームワークで分析した。著者らは,アルファおよびベータ多様性尺度を用いて,これらの腸微生物群集の多様性に対する筋肉内抗生物質処理およびプロバイオティクス経口投与の影響を評価した。結果:品種,リター,および年齢のような個々の宿主間の差異は,群集組成の変化に重要な寄与因子であった。宿主年齢は離乳後の子豚の腸微生物叢形成における支配的因子であった。離乳後ブタ腸ミクロビオームは,生後2カ月で2日離れて生まれた宿主を区別できる特徴的な離乳後変化を伴う高度に構造化された発達プログラムに従うようであった。抗生物質とプロバイオティック処理の処理効果は認められたが,筋肉内抗生物質治療に関連したモリカットのより高い表現とプロバイオティック処理に関連したLactobacillusの増加を含んだ。議論は,実験因子と微生物群集組成の間の相関の発見が,OTUベースの方法でより一般的であり,系統発生多様性測定を通してまれに分析される。後者の方法は,前者より直感的でないが,ライブラリーサイズの正規化バイアスからは少なく,ミクロビオーム組成と宿主-,および処理因子の間の相関の発見のために,この研究において有用であることを証明した。【JST・京大機械翻訳】

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豚 , 微生物の生態

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