ddPCRを用いた廃水監視はN1プローブ結合効率の変化によるomicron変異体の高精度追跡を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Schussman, M. K.; Roguet, A.; Schmoldt, A.; Dinan, B.; McLellan, S. L.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202207587616805 整理番号：22P0320789

ddPCRを用いた廃水監視はN1プローブ結合効率の変化によるomicron変異体の高精度追跡を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Wastewater surveillance using ddPCR reveals highly accurate tracking of omicron variant due to altered N1 probe binding efficiency

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発行年： 2022年02月21日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月21日
JST資料番号： O7002B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

SARS-CoV-2の廃水監視は,コミュニティにおけるCOVID-19感染傾向を理解するために世界中で使用されている。液滴ディジタル(dd)PCRで測定したとき,Omicron変異体の優勢に対する出現と迅速なタイムラインが廃水中に正確に反映されたことを見出した。Omicronは個々の液滴内の蛍光シグナルを減じるN1プローブ結合領域に変異を持つので,循環Delta変異体からOミクロンを識別することができた。ddPCRプラットフォームは,データの分析が異なる個々のテンプレートから蛍光シグナルを分離することができるので,廃水監視にとって有利である。対照的に,定量に対する蛍光の強度のみに依存するqPCRのようなプラットフォームは,反応に影響する変異を有する変異体のサブセットを区別せず,SARS-CoV-2濃度を過小評価する。廃水におけるOmicronの比率は,5つの都市における臨床事例と緊密に相関して,配列された臨床サンプルより外観と優位(>75%)のより高い分割時間ラインを提供して,それはより少ない人口区域において制限した。まとめると,本研究は,廃水が個体群レベルでSARS-CoV-2を追跡するための信頼できる計量であることを示した。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

生化学的分析法 , 分析試薬

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