バタフライパンゲノムはクロマチン接近性の進化の根底にある大量構造変化を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Ruggieri, A. A.; Livraghi, L.; Lewis, J. J.; Evans, E.; Cicconardi, F.; Hebberecht, L.; Montgomery, S. H.; Ghezzi, A.; Rodriguez-Martinez, J. A.; Jiggins, C. D.; McMillan, W. O.; Counterman, B. A.; Papa, R.; Van Belleghem, S. M.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202207867909620 整理番号：22P0334585

バタフライパンゲノムはクロマチン接近性の進化の根底にある大量構造変化を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

A butterfly pan-genome reveals a large amount of structural variation underlies the evolution of chromatin accessibility

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資料名：
発行年： 2022年04月14日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月14日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

ゲノム全体に見られる最も一般的な構造変異体(SV)である挿入と欠失にもかかわらず,これらのSVsが個体群内と近縁種の間でどのように変化するか,また進化におけるそれらの重要性についてはあまり知られていない。これらの疑問に取り組むために,3つの密接に関連したHeliconius蝶種のゲノム集合を用いて,インデルSVの進化を特性化した。調査した比較的短い進化時間スケールにおいて,ゲノムの18.0%までは,個々のH.charithonia蝶の2つのハプロタイプ間のインデルで構成され,62.7%までは,最も離れた種(11Mya)のゲノム間の系統特異的SVを含んでいた。系統特異的配列は,ゲノム全体にわたってランダムに挿入された転移可能な要素(TEs)として特性化され,それらの全体的分布は単一ヌクレオチド置換として連結選択により同様に影響を受けた。潜在的シス調節機能を有する配列を同定するために,カテピラーにおける頭部組織のクロマチンアクセシビリティプロファイル(すなわちATAC-seq)を用いて,著者らは31,066の内から,種間のクロマチン接近性の差異を同定し,30.4%が系統特異的SVs内にあり,9.4%がTE挿入として特性化されることを見出した。これらのTE挿入はランダムで予想されるよりも遺伝子転写開始部位近くに局在し,ショウジョウバエにおけるニューロン発生において既知の機能を持ついくつかの転写因子結合部位候補に富んでいた。また,頭部特異的クロマチンアクセシビリティを有する24のTE挿入を同定した。著者らの結果は,比較ゲノム研究で以前に見落とされた構造ゲノム進化の高い速度を示し,適応進化のための原材料として役立つ構造変化に対する高い可能性を示した。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学 , 分子・遺伝情報処理 , 進化論一般

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