Aspergillus fumigatusのパン-,ポピュレーション-およびPhylo-ゲノム組合せ解析は集団構造と系統特異的多様性を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Lofgren, L. A.; Ross, B. S.; Cramer, R. A.; Stajich, J. E.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202207876039220 整理番号：22P0029629

Aspergillus fumigatusのパン-,ポピュレーション-およびPhylo-ゲノム組合せ解析は集団構造と系統特異的多様性を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Combined Pan-, Population-, and Phylo-Genomic Analysis of Aspergillus fumigatus Reveals Population Structure and Lineage-Specific Diversity

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発行年： 2022年03月27日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月27日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

Aspergillus fumigatusはヒト真菌病の死者であり,病原性不均一性は菌株間の遺伝的変異によって少なくとも部分的に構造化されると考えられている。参照ゲノムアラインメントに基づく集団ゲノム解析は,遺伝子変異体が集団にわたってどのように分布するかに関する貴重な洞察を提供するが,これらのアプローチは参照ゲノムから存在しない遺伝子の種内変異を捉えることができない。de novoアセンブリに基づくPan-ゲノム分析は,種の完全な遺伝的レパートリーに対処する可能性で,参照に基づくゲノムに対する有望な代替を提供する。ここでは,集団構造と組換え頻度,系統発生構造化遺伝子存在-不在変異,代謝特異性の証拠,およびA.fumigatusにおける推定抗真菌耐性遺伝子の分布を評価するために,個体群ゲノミクス,系統ゲノミクス,および汎ゲノムの組合せを使用した。A.fumigatusの3つの一次個体群に対する証拠を提供し,遺伝子変異(SNPsとインデル)と,各クレードに排他的に存在するアクセサリー遺伝子のユニークなセットによる異なる遺伝子存在-不在変異の両方により構造化する。アクセサリー遺伝子は窒素と炭水化物代謝に対する機能的濃縮を示し,個体群が環境ニッチ特殊化により層化されることを示唆した。同様に,抗真菌耐性遺伝子と耐性対立遺伝子の分布は,しばしば系統発生によって構造化された。A.fumigatusは,Af293参照ゲノムで非表示された多くの遺伝子を含む現在まで報告された,非常に高レベルの組換えと最大の真菌パンゲノムの1つを示した。これらの結果は,種内変異を評価するための単一参照ゲノムベースアプローチと,臨床関連真菌の集団構造,遺伝的多様性,および推定生態学的ドライバーを解明するために,複合ゲノムアプローチの力に頼ることの不十分さを強調する。【JST・京大機械翻訳】

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, , 【Automatic Indexing@JST】

集団遺伝学 , 遺伝的変異 , 人類学 , 進化論一般 , 分子・遺伝情報処理

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