MetamORF:遺伝子レベルおよびメタ分析のための実験的および計算的アプローチにより同定されたユニークな短いオープンリーディングフレームの貯蔵所【JST・京大機械翻訳】

Choteau, S. A.; Wagner, A.; Pierre, P.; Spinelli, L.; Brun, C.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202208004880522 整理番号：22P0253019

MetamORF:遺伝子レベルおよびメタ分析のための実験的および計算的アプローチにより同定されたユニークな短いオープンリーディングフレームの貯蔵所【JST・京大機械翻訳】

MetamORF: A repository of unique short Open Reading Frames identified by both experimental and computational approaches for gene-level and meta-analysis

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発行年： 2020年11月30日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年11月30日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

ハイスループット技術の開発は,ほとんどの真核生物RNAにおける非標準的短いオープンリーディングフレーム(sORF)の存在を明らかにした。それらは,種全体で高度に保存され,多数の細胞過程に関与すると疑われる普遍的な遺伝要素である。metamORF(http://metamorf.hb.univ amu.fr/)は,ヒトおよびマウスゲノムで同定されたユニークなsORFのリポジトリを,実験的および計算的アプローチで提供することを目的とする。公的に利用可能なsORFデータを収集し,それを標準化し,冗長な情報を要約することにより,合計1,162,675のユニークなsORFを同定することができた。短い,上流または下流のようなORFの通常の特性化にもかかわらず,これらのカテゴリーの定義に関する明確なコンセンサスはない。したがって,データを正規化命名法を用いて再処理した。metamORFは,遺伝子座,遺伝子,転写物およびORFレベルで新しい分析を可能にし,将来のsORF機能に関する新たな疑問に対処する可能性を提供する。リポジトリは,ユーザフレンドリーなウェブインタフェイスを通して利用可能であり,簡単なブラウジング,可視化,多重基準上のフィルタリング,および輸出可能性,sORFsは,遺伝子,転写体,ORF ID,またはゲノム領域の探索から始めて検索できる。また,データベース内容は,UCSCゲノムブラウザでトラックハブを通して利用可能になった。【JST・京大機械翻訳】

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, 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現 , 遺伝子の構造と化学 , 分子・遺伝情報処理

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