計算および生物物理学的解析によるRNA-RNA相互作用の調査【JST・京大機械翻訳】

Mrozowich, T.; Park, S. M.; Waldl, M.; Henrickson, A.; Tersteeg, S.; Nelson, C. R.; De Klerk, A.; Demeler, B.; Hofacker, I. L.; Wolfinger, M. T.; Patel, T. R.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202208047457461 整理番号：22P0314019

計算および生物物理学的解析によるRNA-RNA相互作用の調査【JST・京大機械翻訳】

Investigating RNA-RNA interactions through computational and biophysical analysis

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著者 (11件)： , , , , , , , , , ,
資料名：
発行年： 2022年12月22日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年12月22日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

多くのウイルスは,必須の長距離RNA-RNAゲノム相互作用,特にフラビウイルスを利用する。モデル系として日本脳炎ウイルス(JEV)を用いて,著者らは計算的に予測し,次に生物物理学的に検証し,その長範囲RNA-RNAゲノム相互作用を特性化した。多重RNA計算評価プログラムを用いて,JEV分離株と多数の関連ウイルス間の一次RNA-RNA相互作用部位を決定した。RNAのin vitro転写に続いて,著者らは,初めて,多角光散乱(SEC-MALS)と分析的超遠心(AUC)を用いたRNA-RNA相互作用の特性化を提供した。次に,マイクロスケール熱泳動(MST)により定量された最初のRNA-RNA相互作用研究を報告し,JEVの5および3TRがnM親和性と相互作用し,保存環化配列が存在しないと有意に減少することを実証した。さらに,このRNA-RNA相互作用の一次ドライバーとして環化配列を検証する計算速度論的解析を行った。最後に,小角X線散乱を用いて相互作用の3次元構造を調べ,柔軟だが安定な相互作用を明らかにした。この経路は,種々のウイルスおよびヒト長鎖非コードRNA-RNA相互作用の研究に適応および利用することができ,それらの結合親和性,潜在的治療法の設計の重要な薬理学的性質を決定する。グラフィカル抽象O_FIG_DISPLAY_L[Figure1]M_FIG_DISPLAY C_FIG_DISPLAY。【JST・京大機械翻訳】

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ウイルスの生化学 , ウイルスの生理一般

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