過剰ゼロを説明する細胞型特異的空間可変遺伝子の同定【JST・京大機械翻訳】

Yu, J.; Luo, X.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202208100067026 整理番号：22P0031149

過剰ゼロを説明する細胞型特異的空間可変遺伝子の同定【JST・京大機械翻訳】

Identification of Cell-Type-Specific Spatially Variable Genes Accounting for Excess Zeros

出版者サイト {{ this.onShowPLink() }} 複写サービスで全文入手
高度な検索・分析はJDreamⅢで

この文献はプレプリントです。プレプリントについてはこちらをご確認ください。

著者 (2件)： ,
資料名：
発行年： 2022年04月19日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月19日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

空間情報を保持しつつ,空間トランスクリプトミクス技術は遺伝子発現をプロファイル化できるが,遺伝子発現と空間位置間の関係を探索するための前例のない機会を提供する。空間的関係は細胞型を通して変化する可能性があるが,過剰なゼロと細胞型比率を同時にモデル化することによって,細胞タイプ特異的空間変数(SV)遺伝子を同定する統計的方法の欠如がある。細胞型特異的SV遺伝子を検出するための統計的アプローチCTSVを開発した。CTSVは,空間生数データを直接モデル化し,ゼロ膨張負二項分布を用いて,ゼロ膨張と過剰分散を考慮した。次に,ゼロ膨張負二項回帰フレームワークにおいて,セル型比率および空間効果関数を組み込んだ。Rパッケージpscl(Zeileis et al.,2008)を用いてモデルに適合した。ロバスト性のために,Cauchy組合せ規則を適用して,空間効果関数の多重選択からp値を統合した。シミュレーション研究は,CTSVが凝集レベルで競合する方法より優れているだけでなく,セル型レベルでより多くの電力を達成することを示した。膵管腺癌空間トランスクリプトームデータを解析することにより,CTSVにより同定されたSV遺伝子は,細胞型レベルで意味のある生物学的洞察を明らかにした。CTSVを実装するためのRパッケージは,GitHubhttps://github.com/jingeyu/CTSV上で利用可能である。【JST・京大機械翻訳】

, , , , , , , , ,
, , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現

, , , ,

前のページに戻る