小児および成人癌をまたぐ生存分析のためのWebプラットフォーム,生存Genie【JST・京大機械翻訳】

Dwivedi, B.; Mumme, H.; Satpathy, S.; Bhasin, S. S.; Bhasin, M.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202208100619401 整理番号：21P0268003

小児および成人癌をまたぐ生存分析のためのWebプラットフォーム,生存Genie【JST・京大機械翻訳】

Survival Genie, a web platform for survival analysis across pediatric and adult cancers.

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発行年： 2022年02月03日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月03日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

遺伝子シグネチャーと経路のゲノムデータ駆動同定は,癌生存を予測し,標的治療に関連する決定を行うために日常的に探索されてきた。遺伝子発現/変異を臨床結果に相関させるため,多数のパッケージとツールが開発されているが,経路,遺伝子セット,および遺伝子比に基づくそのような分析を実行する能力がない。さらに,この単一細胞オミクス時代において,癌単一細胞トランスクリプトミクス研究からのクラスタマーカーは未利用の予後オプションのままである。さらに,バイオインフォマティクスオンラインツールは,正準細胞型の濃縮と癌にわたる生存の間の関係を評価する。ここでは,単一細胞RNA-seq(scRNA-Seq)データおよび遺伝子セット,遺伝子比,腫瘍浸潤免疫細胞比率,遺伝子発現プロファイルスコアおよび腫瘍変異負荷のような各種の他の分子入力に対する生存分析を行うためのウェブツール,生存Genieを開発した。包括的分析のために,生存Genieは,成人および小児癌に関連する11の異なる癌プログラムから27の異なる悪性腫瘍の53のデータセットを含む。ユーザは,scRNA-Seqデータまたは遺伝子セットをアップロードし,遺伝子発現分割法(すなわち,平均,中央値,四分位,切断)を選択し,生存結果に対する発現レベルの影響を決定する。ツールは,低および高リスク群のボックスプロット,単変量Cox比例ハザードモデルによるKaplan-Meierプロット,および免疫細胞濃縮と分子プロファイルの相関を含む包括的結果を提供する。癌データセットの分析オプションと包括的収集は,次世代予後と治療バイオマーカーの開発を助けるために,遺伝子セット,経路,細胞濃縮,および単一細胞シグネチャを臨床結果に相関させるためのユニークな資源である。生存Genieはオープンソースであり,https://bbisr.shinyapps.winship.emory.edu/SurvivalGenie/でオンラインで利用できる。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現 , 分子・遺伝情報処理

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