長い読取配列決定により明らかにしたEnterococcus faecalisの多重系統とプラスミドにおけるoptrA仲介リネゾリド耐性の出現【JST・京大機械翻訳】

McHugh, M. P.; Parcell, B. J.; Pettigrew, K. A.; Toner, G.; Khatamzas, E.; Karcher, A. M.; Walker, J.; Weir, R.; Meunier, D.; Hopkins, K. L.; Woodford, N.; Templeton, K. E.; Gillespie, S. H.; Holden, M. T.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202208526398879 整理番号：22P0227157

長い読取配列決定により明らかにしたEnterococcus faecalisの多重系統とプラスミドにおけるoptrA仲介リネゾリド耐性の出現【JST・京大機械翻訳】

Emergence of optrA-mediated linezolid resistance in multiple lineages and plasmids of Enterococcus faecalis revealed by long read sequencing

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資料名：
発行年： 2020年02月29日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年02月29日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

【目的】スコットランドのリネゾリド耐性Enterococcus faecalis分離株におけるoptrAの遺伝的環境を特徴づける。【方法】リネゾリド耐性E.faecalisを3つのScottish Health Boardsで同定し,国家参照研究所でoptrA遺伝子を運ぶことを確認した。WGSは,短い読取(Illumina MiSeq)と長い読取(Oxford Nanopore MinION)技術を用いて行い,完全なゲノム集合体を生成した。94のE.faecalis血流分離株に対するIllumina読取を用いて,より大きな英国の系統発生でoptrA陽性分離株を配置した。【結果】6つのoptrA陽性リネゾリド耐性E.faecalisを,3つのScottish Health Boards(2014-2017)の尿生殖器検体から分離した。疫学的リンクは,患者間で同定されず,4人は地域ベースであり,1人は最近のリネゾリド曝露があった。参照ベースのマッピングは,分離株が遺伝的に異なる(>13,900コアSNP)ことを確認した。optrAは各分離株でプラスミドに位置し,これらのプラスミドは限られたヌクレオチド類似性を示した。optrA(IS1216,IS3,およびTn3)を取り囲む転移可能な元素の可変存在があり,常に認識可能な遺伝子カセットとしては存在しなかった。OptrAアミノ酸配列も分岐し,1-20残基で異なる4つの蛋白質変異体をもたらした。1つの分離株はST16に属し,UKコレクション(76~182SNP)で3つの他の分離株でクラスタ化され,さもなければ,optrA陽性分離株は血流分離株(>6000SNPs)と遺伝的に異なった。結論:著者らは,多様なE.faecalis株とプラスミド背景におけるリネゾリド耐性遺伝子optrAの多重変異体を報告し,E.faecalis個体群への遺伝子の多重導入と最近の出現を駆動する選択を示唆する。【JST・京大機械翻訳】

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微生物感染の生理と病原性

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