多重化DNA-FISHのための空間ゲノム配列【JST・京大機械翻訳】

Jia, B. B.; Jussila, A. P.; Kern, J. C.; Zhu, Q.; Ren, B.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202208548009884 整理番号：22P0319282

多重化DNA-FISHのための空間ゲノム配列【JST・京大機械翻訳】

A spatial genome aligner for multiplexed DNA-FISH

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発行年： 2022年03月27日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月27日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

多重化蛍光in situハイブリダイゼーション(FISH)は3Dゲノム構成を分析するための強力なアプローチとして浮上しているが,ノイズの多い蛍光シグナルから染色体立体配座を導くことは非常に困難である。染色体がクロマチン線維に属するかどうかにかかわらず,染色体が保存された形を欠いているので,クロマチンは直接的ではない。ここでは,シグナルをDNAポリマーモデルに整列させることにより,ノイズから真のクロマチンシグナルを構文する空間ゲノム配列を報告する。著者らは,この空間ゲノム配列器が,複数のスケールにわたってDNA-FISHデータから染色体構造を効率的に再構成でき,また,相間細胞において染色体倍数体をde novoに決定できることを実証した。この方法による以前の全ゲノム染色体追跡データの再処理は,非同期マウス胚性幹細胞におけるS/G2相細胞における姉妹染色分体の空間的凝集を明らかにし,成体マウス皮質の有糸分裂後ニューロンにおいて緊密に対合する過剰染色体を明らかにした。著者らの空間ゲノム整列体は,コミュニティによる多重DNA-FISHの適応を促進する可能性がある。【JST・京大機械翻訳】

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, 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学

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