リボソームプロファイリングはイネにおける翻訳景観と対立遺伝子特異的翻訳効率を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Zhu, X.-T.; Zhou, R.; Che, J.; Zheng, Y.-Y.; Qamar, M. T. u.; Feng, J.-W.; Zhang, J.; Gao, J.; Chen, L.-L.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202208562086913 整理番号：22P0316130

リボソームプロファイリングはイネにおける翻訳景観と対立遺伝子特異的翻訳効率を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Ribosome profiling reveals the translational landscape and allele-specific translation efficiency in rice

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発行年： 2022年02月25日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月25日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

翻訳調節は遺伝子発現の過程における重要な段階であり,mRNAからの蛋白質の合成を支配する。多くの研究が,様々な環境刺激に応答する植物における翻訳調節を明らかにした。しかし,植物の多重組織における翻訳調節と対立遺伝子特異的翻訳効率の包括的な景観はなく,特にイネでは,世界人口の約半分の主主作物である。ここでは,RNA-seqとRibo-seqデータを用いて,エリートハイブリッドイネSY63とその親品種ZS97とMH63のトランスクリプトームとトランスラトームを分析した。結果は,遺伝子発現パターンが,転写と翻訳レベルの両方で,品種間よりも組織間で有意に変化することを明らかにした。さらに,著者らは3392の上流オープンリーディングフレーム(uORF)を同定し,uORF含有遺伝子の大部分は転写因子に富んでいた。668の長い非コードRNAのみがペプチドに翻訳できた。最後に,SY63において対立遺伝子特異的翻訳効率を有する多数の遺伝子を発見し,さらに,いくつかのシス調節要素(mRNAの二次構造とmiRNAの結合)が翻訳効率における対立遺伝子発散に寄与するかもしれないことを示した。全体として,著者らの知見は,イネの翻訳調節の理解を改善し,パンニング研究の分子的基礎のための情報を提供する。【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子発現

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