TranSyT,輸送システムを同定するための革新的フレームワーク【JST・京大機械翻訳】

Lagoa, D.; Faria, J. L.; Liu, F.; Cunha, E.; Henry, C.; Dias, O.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202208667436669 整理番号：21P0252933

TranSyT,輸送システムを同定するための革新的フレームワーク【JST・京大機械翻訳】

TranSyT, an innovative framework for identifying transport systems

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発行年： 2022年04月14日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年04月14日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

ゲノム規模の代謝モデルの開発の重要性と速度は,ここ数年,このプロセスの幾つかの段階を自動化するソフトウェアソリューションの需要を増すために成長している。しかし,△E放出以来,モデルへの輸送反応の自動統合のためのソフトウェア開発は失速した。ここでは,輸送システムトラッカー(TranSyT),次に,△Eの次の反復を提示した。その先行者と異なり,TranSyTは,輸送者分類データベースから検索され,他のデータソースからの情報で補完された高度に発生する記録から導出された,その内部データベースを拡張するための手動キュレーションに頼らない。TranSyTは輸送体ファミリー,輸送蛋白質に関する情報を編集し,その内部データベースへの反応を誘導し,完全なゲノムの迅速アノテーションに利用できる。すべての輸送反応はGPR関連を有し,4つの異なる代謝産物データベースから識別子で輸出できる。TranSyTは,現在,メルリンv4.0のためのプラグインとして,およびKBaseのためのアプリとして利用可能である。【JST・京大機械翻訳】

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分子・遺伝情報処理 , 事務・経営情報処理 , 経営工学一般

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