GoPeaks:CUT&Tagのためのヒストン修飾ピーク呼び出し【JST・京大機械翻訳】

Yashar, W. M.; Kong, G.; VanCampen, J.; Smith, B. M.; Coleman, D. J.; Carbone, L.; Yardimci, G. G.; Maxson, J. E.; Braun, T. P.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202208779041675 整理番号：22P0032178

GoPeaks:CUT&Tagのためのヒストン修飾ピーク呼び出し【JST・京大機械翻訳】

GoPeaks: Histone Modification Peak Calling for CUT&Tag

出版者サイト {{ this.onShowPLink() }} 複写サービスで全文入手
高度な検索・分析はJDreamⅢで

この文献はプレプリントです。プレプリントについてはこちらをご確認ください。

著者 (9件)： , , , , , , , ,
資料名：
発行年： 2022年01月14日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月14日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

ヒストン修飾景観のゲノムワイドマッピングは転写調節の理解に重要である。標的とTagmentation(CUT&Tag)は,共有結合ヒストン修飾の局在化をプロファイリングする新しい方法であり,クロマチン免疫沈降配列決定(ChIP-seq)と比較して改善された感度と減少したコストを提供する。ここでは,ヒストン修飾CUT&Tagデータのために特別に設計したピーク呼出し法であるGoPeaksを提示する。GoPeaksは二項分布および厳密な読取数カットオフを実行して,候補ゲノム領域候補を指定する。CUT&TagデータからH3K4me3,H3K4me1およびH3K27Acピークを検出するために,一般的に使用されるピーク呼出しアルゴリズムに対するGoPeaksの性能を比較した。これらのヒストン修飾は,一連のピークプロファイルを示し,エピジェネティック研究において頻繁に使用される。GoPeaksは,ゲノムワイドヒストン修飾をロバストに検出し,特に,他の標準ピーク呼出しアルゴリズムと比較して,感度が改善されたH3K27Acを同定した。【JST・京大機械翻訳】

, , , , , , ,
, , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学 , 分子・遺伝情報処理 , 遺伝子発現

前のページに戻る