SARS-CoV-2点変異と欠失スペクトル,および異なる疾患転帰との関連【JST・京大機械翻訳】

Martinez-Gonzalez, B.; Soria, M. E.; Vazquez-Sirvent, L.; Ferrer-Orta, C.; Lobo-Vega, R.; Minguez, P.; De la Fuente, L.; Llorens, C.; Soriano, B.; Ramos-Ruiz, R.; Corton, M.; Lopez-Rodriguez, R.; Garcia-Crespo, C.; Gallego, I.; de Avila, A. I.; Gomez, J.; Enjuanes, L.; Salar-Vidal, L.; Esteban, J.; Fernandez Roblas, R.; Gadea Girones, I.; Ayuso, C.; Ruiz-Hornillos, J.; Verdaguer, N.; Domingo, E.; Perales, C.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202208917076116 整理番号：22P0032196

SARS-CoV-2点変異と欠失スペクトル,および異なる疾患転帰との関連【JST・京大機械翻訳】

SARS-CoV-2 Point Mutation and Deletion Spectra, and Their Association with Different Disease Outcome

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資料名：
発行年： 2022年01月12日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月12日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

RNAウイルスの変異体スペクトルは,ウイルスの病因と選択的圧力に対する応答を理解するために重要である。感染患者から採取したコロナウイルスにおける変異スペクトルの複雑性を特徴付ける必要がある。特に,SARS-CoV-2変異スペクトルの複雑性と疾患関連の間の可能な関係は確立されていない。本研究では,次のCOVID-19の厳しさに従って分類された最初のCOVID-19パンデミック波(Madrid,スペイン,42020年)のSARS-CoV-2のnsp12(ポリメラーゼ)-およびスパイク(S)-コード領域からのアンプリコンの突然変異体スペクトルの超深部配列決定(UDS)解析を報告する。対応する分離株のコンセンサス配列に対して計数された低周波数突然変異と欠失は圧倒的に豊富であった。異なる点変異の平均数,ハプロタイプ当りの変異およびいくつかの多様性インデックスは,中等度または重度の疾患と関係した患者より軽度疾患を発症した患者から分離したSARS-CoV-2で有意に高いことを示した。このようなバイアスはRNA欠失で観察されなかった。nsp12(ポリメラーゼ)とSの3次元構造におけるアミノ酸置換の位置は,有意な構造的または機能的効果を示唆する。したがって,軽度症状を発症した患者は,中等度または重度のCOVID-19の患者よりSARS-CoV-2の遺伝的変異体の豊富な供給源である可能性がある。IMPORTANCEは,診断サンプルからのSARS-CoV-2の突然変異スペクトルが点突然変異豊度と複雑性で異なることを示し,軽度COVID-19症状を発症した患者からのウイルスにおいて有意に大きな値を観察した。変異体スペクトルの複雑性は分離株間の均一な形質ではない。変異スペクトルに存在する低周波アミノ酸置換の性質と位置は,SARS-CoV-2の表現型多様化の大きな可能性を予想する。【JST・京大機械翻訳】

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ウイルスの生化学

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