マレーシアのmahseer(Tor tabroides)の最初の高品質ゲノム集合とデータ解析【JST・京大機械翻訳】

Lau, M. M. L.; LIM, L. W. K.; Chung, H.-H.; Gan, H. M.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202209037513793 整理番号：22P0031482

マレーシアのmahseer(Tor tabroides)の最初の高品質ゲノム集合とデータ解析【JST・京大機械翻訳】

The First High-Quality Genome Assembly and Data Analysis of the Malaysian mahseer (Tor tambroides)

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発行年： 2022年01月03日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月03日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

世界で最も貴重な淡水魚の1つであるマレーシアマハゼ(Tor tambroides)は,主にヒトの消費を目標とする。この種のマイトジェンミックデータは今日まで利用可能であるが,ゲノム情報はまだ不足している。初めて,IlluminaとNanoporeプラットフォームの両方で成体魚の全ゲノムを配列決定した。ハイブリッドゲノム集合は,44kb N50長さと84.3%のBUSCOゲノム完全性で見出された44,726コンティグから1.5Gbゲノム配列の合計をもたらした。4種類のSSRが検出され,GCよりもAT量が大きいゲノム内で同定された。予測蛋白質配列は,公開データベース,すなわちGO,KEGGおよびCOGに機能的に注釈付けされた。53のActinopterygii種および2つの外群を含む最尤系統ゲノム系統樹を構築し,T.tambroidesのゲノムベースの進化関係への最初の洞察を,他の光線仕上げ魚と比較した。これらのデータは,個体群ゲノム,種同定,形態的変異,および進化生物学の研究の促進において重要であり,この種の保存に役立つ。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子の構造と化学

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