UPP2:断片系列によるデータセットの高速で正確なアラインメント推定【JST・京大機械翻訳】

Park, M.; Ivanovic, S.; Chu, G.; Shen, C.; Warnow, T.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202209129067617 整理番号：22P0316513

UPP2:断片系列によるデータセットの高速で正確なアラインメント推定【JST・京大機械翻訳】

UPP2: Fast and Accurate Alignment Estimation of Datasets with Fragmentary Sequences

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発行年： 2022年07月03日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年07月03日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

移動多重配列アラインメント(MSA)は多くのバイオインフォマティクスパイプラインにおける基本的ステップである。しかし,大きなデータセット,特にシーケンス長不均一性を持つものに関する高精度アラインメントの達成は,挑戦的なタスクである。UPP(Phylogeny認識プロファイルを用いたUltra-大規模多重配列アラインメント)は,入力における全長シーケンスに関する推定アラインメントを表現するために隠れMarkovモデル(eHMM)の集合を構築するMSA推定の方法であり,次に,アンサンブルにおいて選択したHMMを用いてアラインメントに残りのシーケンスを加える。UPPは良い精度を提供するが,大きなデータセットで計算的に集約的である。【結果】UPP2,UPPの直接的な改善を提示する。主な進歩は,UPPと同じ精度の達成を可能にするアンサンブルのHMMを選択するための高速技術であるが,実行時間を大幅に削減する。UPP2は,実質的な配列長不均一性を示すデータセット上で,主要なMSA法と比較して,より正確なアラインメントを生成し,最も正確であることを示した。アベイラビリティhttps://github.com/gillichu/sepp接触戦争@illinois.edu.【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理

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