PresRAT  細菌小RNA配列の同定のサーバーと予想される結合領域を持つ標的【JST・京大機械翻訳】

Kumar, K.; Chakraborty, A.; Chakrabarti, S.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202209326242137 整理番号：22P0230575

PresRAT 細菌小RNA配列の同定のサーバーと予想される結合領域を持つ標的【JST・京大機械翻訳】

PresRAT: A server for identification of bacterial small-RNA sequences and their targets with probable binding region.

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発行年： 2020年04月05日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年04月05日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

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細菌小RNA(sRNA)配列は機能的RNAであり,多様なクラスの遺伝子発現の調節に重要な役割を果たす。したがって,このようなsRNA配列とそれらの推定mRNA標的を同定することが重要である。ここでは,PresRAT(sRNAとそれらの標的のPredication)と名付けた統合オンラインプラットフォームの導入を介し,sRNAおよびそれらの標的を同定し,性質決定するための新しい手順を検討した。PresRATは,sRNA配列の一次および二次構造属性を用いて,与えられた配列または細菌ゲノムからsRNAを予測した。PresRATはまた,与えられた細菌染色体からsRNA配列の推定可能な標的mRNAを発見し,さらに可能性のあるsRNA-mRNA結合領域の同定に集中している。PresRATを用いて,54の細菌ゲノムから合計60,518の潜在的sRNA配列を同定し,13の細菌ゲノムから2447の潜在的標的を同定した。また,sRNAおよびsRNA-mRNA二本鎖領域の3Dモデルを構築および精製するためのプロトコルを実装し,このプラットフォームを用いて50の既知sRNAおよび81sRNA-mRNA二本鎖の3Dモデルを作成した。サーバ部分と共に,PresRATもデータベース部分を含み,予測されたsRNA配列,sRNA標的及びそれらの対応する3Dモデルを構造動力学情報でリストした。【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子発現

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