DraculR:ハイスループット小RNA配列決定データにおけるin silico溶血検出のためのウェブベース応用【JST・京大機械翻訳】

Smith, M. D.; Leemaqz, S. Y.; Jankovic-Karasoulos, T.; McCullough, D.; McAninch, D.; Breen, J.; Roberts, C. T.; Pillman, K. A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202209393678829 整理番号：22P0326566

DraculR:ハイスループット小RNA配列決定データにおけるin silico溶血検出のためのウェブベース応用【JST・京大機械翻訳】

DraculR: A web based application for in silico haemolysis detection in high throughput small RNA sequencing data

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発行年： 2022年03月31日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月31日
JST資料番号： O7002B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

血漿中の新規マイクロRNA(miRNA)バイオマーカーの探索は,溶血,溶解およびその後の赤血球(RBC)含有量(miRNAを含む)の周囲の液への放出によって妨げられる。miRNAのバイオマーカーの可能性は,部分的にそれらのマルチコンパートメント起源と血漿中のmiRNA転写物の長寿命の性質から来ており,研究者は,そうでなければ難しいか,またはサンプルに不利である組織に対する機能的窓を与える。下流解析におけるRBC誘導miRNA転写物の包含は,ポストホックを同定するのが困難な誤差源を導入し,偽結果を導く可能性がある。物理的試料へのアクセスは不可能で,著者らのツールは溶血予測へのin silicoアプローチを提供するであろう。【結果】著者らは,原読み計数表としてヒト血漿の短い読取配列からマイクロRNA発現データをアップロードすることを可能にし,溶血性汚染の程度を示す計量を相互作用的に算出する,インタラクティブShiny/RアプリケーションであるDraculRを提示する。アベイラビリティと実装DraculRとそのチュートリアルは(https://mxhp75.shinyapps.io/shinyVamp/)から自由に利用可能である。コードは(https://github.com/mxhp75/shinyVamp.git)から利用可能である。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子発現

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