任意次数の上位相互作用を検出するためのSIMDアルゴリズム【JST・京大機械翻訳】

Ponte-Fernandez Christian; Gonzalez-Dominguez Jorge; Martin Maria J.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202209625308292 整理番号：22P0024697

任意次数の上位相互作用を検出するためのSIMDアルゴリズム【JST・京大機械翻訳】

A SIMD algorithm for the detection of epistatic interactions of any order

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発行年： 2022年01月07日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月07日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

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エピスタシスは,表現型結果が2つ以上の遺伝子座での遺伝的変異の相互作用により決定される現象であり,個々の遺伝子座に対応する効果の付加的組合せに起因しない。William Betesonがこの概念を導入したので,100年以上であるが,それはまだ活発な研究の下で話題である。エピスタシスの相互作用は,指数的に成長する数の組み合わせの解析を含む計算上の高価な挑戦である。この分野における著者は,探索をスピードアップするために多数のハードウェアアーキテクチャに頼っているが,現在のCPUが命令セットに含まれるベクトル命令にはほとんど注意が払われていない。本研究では,任意の次数のエピスタシス相互作用の探索をサポートするために,既存の三次網羅アルゴリズムを拡張し,Intel AVX固有を用いて探索を構成する異なる関数の多重SIMD実装を検討した。GCCとIntelコンパイラを用いた結果は,ここで提案した512ビットの明示的ベクトル実装が評価した他の実装の全ての中で最良であることを示した。提案した512ビットベクトル化は,テストされたシナリオにおいて,GCCとIntelコンパイラに対して,それぞれ7と12の平均因子によってアルゴリズムの元の実装を加速する。【JST・京大機械翻訳】

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, , , 【Automatic Indexing@JST】

分子・遺伝情報処理 , 進化論一般 , 遺伝子発現 , 遺伝学研究法

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