フラックス付与:経路解析のための速度制限ステップと微分表現を統合する新しいアプローチ【JST・京大機械翻訳】

Sportiello, M.; Geber, A.; Palli, R.; Embong, A. K.; Laniewski, N.; Reilly, E. C.; Lambert Emo, K.; Topham, D. J.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202209655165712 整理番号：22P0318240

フラックス付与:経路解析のための速度制限ステップと微分表現を統合する新しいアプローチ【JST・京大機械翻訳】

Fluximplied: A novel approach integrates rate limiting steps and differential expression for pathway analysis

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発行年： 2022年03月17日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月17日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

【背景】従来の遺伝子セット濃縮分析が最も一般的であるにもかかわらず,厳密な経路分析を実施するためにManyツールが存在する。多くの応用に有用であるが,1つの一般的な状況は,バルクオミクスデータセットの代謝プロファイリングである。より線形な経路における律速段階は,これらの経路を通してのフラックスの主要な決定因子であるが,これらの段階を触媒する酵素の差次的発現は,通常,経路分析で異なって重み付けされない。流束は,多くの良く検証された代謝経路を通して,暗示されたフラックスを評価するために,速度制限段階による経路分析を実行するために構築した。【結果】律速段階とそれらの関連経路のデータベースを構築した。肝臓,被殻および脂肪組織からの公的に利用可能なヒトRNA配列決定データを用い,一般的には経路分析を確認した。マウス肺からの2つのCD8 T細胞サブセットを比較するとき,著者らのアルゴリズムは以前に見つからなかった以前の知見を確認した。結論:フラックスは,仮説生成でユーザを支援することを意図した経路分析のためのアクセス可能なツールである。経路分析に対する従来のアプローチとは異なり,正準代謝経路を通してフラックスを推論するために,速度制限段階のデータベースを特に質問する。【JST・京大機械翻訳】

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, , 【Automatic Indexing@JST】

代謝と栄養 , 物質の代謝

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