機械的に双安定なDNA折り紙の自由エネルギー景観【JST・京大機械翻訳】

Wong Chak Kui; Doye Jonathan P. K.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202209886251859 整理番号：22P0278080

機械的に双安定なDNA折り紙の自由エネルギー景観【JST・京大機械翻訳】

The free-energy landscape of a mechanically bistable DNA origami

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発行年： 2022年01月21日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年01月21日
JST資料番号： O7000B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

粗粒モデルを用いた分子シミュレーションは,DNAまたはギガミスの構造,動力学および力学を総合的に特性化することを可能にする。ここでは,2つの機械的に安定な状態を示し,双安定景観が電子顕微鏡により可視化された構造のアンサンブルから推測された,結合DNA折り紙の自由エネルギー景観に焦点を当てた。驚くべきことに,oxDNAモデルを用いたシミュレーションは,欠陥の無い折り紙が単一自由エネルギー最小を持つと予測した。ヒンジ継手は単に自由角運動を許さないが,第二状態に関連する関節角が接近するにつれて,自由エネルギーペナルティの増加につながるので,期待した第2状態は安定ではない。これは,組立欠陥が実験的に観測された構造のアンサンブルにどのように影響するかのような,シミュレーションと実験の間のこの差の原因に関する興味深い疑問を提起する。【JST・京大機械翻訳】

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核酸一般 , 分子構造

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