単一細胞長読取配列決定による非培養ヒト腸内細菌における種内多様性の解明【JST・京大機械翻訳】

Kogawa, M.; Nishikawa, Y.; Saeki, T.; Yoda, T.; Arikawa, K.; Takeyama, H.; Hosokawa, M.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202209977760349 整理番号：22P0319102

単一細胞長読取配列決定による非培養ヒト腸内細菌における種内多様性の解明【JST・京大機械翻訳】

Revealing within-species diversity in uncultured human gut bacteria with single-cell long-read sequencing

出版者サイト {{ this.onShowPLink() }} 複写サービスで全文入手
高度な検索・分析はJDreamⅢで

この文献はプレプリントです。プレプリントについてはこちらをご確認ください。

著者 (7件)： , , , , , ,
資料名：
発行年： 2022年03月24日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月24日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

細菌ゲノム構造は動的に変化し,構造変異体は細菌表現型を変化させる。しかし,完全ゲノムを得て,非培養細菌のゲノム構造を解析することは,挑戦的であった。標的非培養細菌の長期単一細胞配列決定データから円形単一細胞増幅ゲノム(cSAG)を構築するための単一細胞増幅ゲノム長リード集合(scALA)ワークフローを開発することを目的とした。特に,scALAは,反復バイアス低減および集合過程を有する隣接配列を生成することにより,SAGのナノポア長読配列データからcSAGを生成した。12のヒト糞便試料から,scALAは3つの特異的標的細菌種の16cSAG,Anaerostipesハラス,Agathobacter直腸,およびRuminococcus gnavusを生成した。A.rusrus cSAGは,共生息宿主からの関連株と大きな,10kbp長,ファージ挿入,糖類代謝能,および頻繁なゲノム組換えを示した。この方法を用いて構築したcSAGは細菌ゲノムデータベースを拡大でき,非培養細菌における種内多様性の理解を可能にした。【JST・京大機械翻訳】

, , , , , , , , , ,
, , , , , , 【Automatic Indexing@JST】

微生物検査法 , 遺伝子の構造と化学

, , , , ,

前のページに戻る