フランスにおけるOstreidヘルペスウイルス1集団の遺伝的多様性と連結性:海洋軟体動物病に対する系統地理学的推論への最初の試み【JST・京大機械翻訳】

Delmotte, J.; Pelletier, C.; Morga, B.; Galinier, R.; Petton, B.; Lamy, J.-B.; Kaltz, O.; Avarre, J.-C.; Jacquot, M.; Montagnani, C.; Escoubas, J.-M.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202210164648159 整理番号：21P0253085

フランスにおけるOstreidヘルペスウイルス1集団の遺伝的多様性と連結性:海洋軟体動物病に対する系統地理学的推論への最初の試み【JST・京大機械翻訳】

Genetic diversity and connectivity of the Ostreid herpesvirus 1 populations in France: a first attempt to phylogeographic inference for a marine mollusc disease

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発行年： 2022年02月23日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月23日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

ウイルス集団の遺伝的多様性はウイルスの空間的および時間的拡散の重要な駆動因子である。しかし,自然個体群からの全ゲノムの多様性の研究は,まだ課題のままである。Phylodynamicアプローチは,小ゲノムを持つRNAウイルスに一般的に使用されるが,より大きなゲノムを持つDNAウイルスにはほとんど適用されていない。ここでは,その原因物質の遺伝的多様性,Ostreidヘルペスウイルス1(OsHV-1)の3つの主なフランスのカキ養殖地域における遺伝的多様性を研究するためのモデルとして,太平洋Oyster死亡率症候群(POMS,世界中のカキ農場に影響する疾患)を使用した。個々のモリンドカキの超深部配列決定とバイオインフォマティクスツールの革新的組合せを用いて,21のOsHV-1新ゲノムをde novo集合した。主要およびマイナーな遺伝的変異の定量化,系統発生分析,および離散形質アプローチの祖先状態再構成を組み合わせる。3つのカキ養殖地域間のOsHV-1ウイルス集団の連結性を評価した。著者らの結果は,Marennes-Oleron湾がOsHV-1多様性の主源であり,そこではウイルスが他の農業地域へ分散し,フランスにおけるカキ移動の現在の実践と一致するシナリオである。系統発生学的アプローチが水生DNAウイルスに適用でき,疫学的,免疫学的および進化的過程がどのように作用し,それらの多様性パターンを形成するのに潜在的に相互作用するかを決定する。重要性Phylogoegraphyは,種内の個々の遺伝子型間の関係を再構築し,次に,それらの地理的および時間的起源とのこれらの遺伝子学的関係の相関を試みている研究の分野である。この研究分野はパンデミックの理解における必須段階となり,特にウイルスパンデミックに関する研究で現在例証されている病原体の起源,広がり及び進化を決定する。しかしながら,系統地理学的分析はゲノム変異に基づくので,安定なゲノムは不安定なゲノムより情報が少ない。従って,二本鎖DNA(dsDNA)ゲノムを持つウイルスはRNAウイルスよりも一般的に低いヌクレオチド多様性を持つ。本研究では,カキヘルペスウイルスOsHV-1の系統地理学的分析による主要およびマイナーな遺伝的変異の両方の使用を結合することにより,コンセンサスウイルスゲノムのみに基づく系統樹で描写されない遺伝子学的関係を強調した。これらのデータは,カキ養殖場間のOsHV-1個体群の起源と広がりを反映する妥当なシナリオを提供する。【JST・京大機械翻訳】

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ウイルス感染の生理と病原性 , ウイルスによる動物の伝染病

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