CRISpy-pop:多様な個体群におけるCRISPR/Cas9駆動遺伝的修飾を設計するためのウェブツール【JST・京大機械翻訳】

Stoneman, H. R.; Wrobel, R. L.; Place, M.; Graham, M.; Krause, D. J.; De Chiara, M.; Liti, G.; Schacherer, J.; Landick, R.; Gasch, A. P.; Sato, T. K.; Hittinger, C. T.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202210271016246 整理番号：22P0239233

CRISpy-pop:多様な個体群におけるCRISPR/Cas9駆動遺伝的修飾を設計するためのウェブツール【JST・京大機械翻訳】

CRISpy-pop: a web tool for designing CRISPR/Cas9-driven genetic modifications in diverse populations

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発行年： 2020年06月20日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2020年06月20日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

※このプレプリント論文は学術誌に掲載済みです。なお、学術誌掲載の際には一部内容が変更されている可能性があります。

CRISPR/Cas9はゲノムの編集のための強力なツールであるが,設計決定は一般に単一参照ゲノムに関して行われる。モデル生物数の増加に利用できる集団ゲノムデータによって,研究者は複数の株と系統を操作することに興味が持たれている。CRISpy-popは,多様な酵母および細菌菌株に対するCRISPR/Cas9ゲノム編集のためのRNA配列を誘導し,フィルタするウェブ応用である。現在の実装デザインは,バイオエネルギー研究で頻繁に使用される167株を含む1000以上のSaccharomyces cerevisiaeゲノムに対するガイドRNAの活性を予測する。ますます一般的な細菌バイオエネルギー研究モデルであるZymomonas mobilisも支持されている。CRISpy-popは,直感的グラフィカルユーザインタフェイスを有するWebアプリケーション(https://CRISpy pop.glbrc.org/)として利用可能である。また,CRISpy-popは,ヒトゲノムを交差参照し,潜在的生物安全性の懸念を持つsgRNAの選択を避けることができる。さらに,CRISpy-popは,機能的集団遺伝学的研究を助ける支持菌株セット内の各ガイドRNAの歪被覆率を予測する。最後に,CRISpy-popが,個体群ゲノムデータを用いて,菌株全体でガイドRNAの活性を正確に予測できる方法を検証した。【JST・京大機械翻訳】

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遺伝子操作

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