Omicronおよび他のヒトコロナウイルスを含む新興変異体間の可能な交差反応性を評価するための戦略としてのSARS-CoV-2スパイク,膜およびヌクレオカプシド蛋白質からのBおよびT細胞エピトープの生物情報学的解析【JST・京大機械翻訳】

Pacheco, D. L.; Saint Remy, S.; Garcia, M. G.; Rivera, T.; Lopez, C. R.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202210311108378 整理番号：22P0315585

Omicronおよび他のヒトコロナウイルスを含む新興変異体間の可能な交差反応性を評価するための戦略としてのSARS-CoV-2スパイク,膜およびヌクレオカプシド蛋白質からのBおよびT細胞エピトープの生物情報学的解析【JST・京大機械翻訳】

Bioinformatic analysis of B and T cell epitopes from SARS-CoV-2 Spike, Membrane and Nucleocapsid proteins as a strategy to assess possible cross-reactivity between emerging variants, including Omicron, and other human coronaviruses

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発行年： 2022年02月17日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年02月17日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

SARS-CoV-2に起因するCOVID-19パンデミックは,2019年12月以来,世界的健康緊急事態を生じ,1月2022年末までに,世界中の5.6百万人以上の人々の死亡を引き起こした。懸念の新しい変異体の出現にもかかわらず,ワクチン接種は,パンデミックを制御するための最も重要なツールの1つである。すべての承認されたワクチンとワクチン候補のほとんどは,防御免疫応答を誘発するための標的抗原としてウイルスのスパイク蛋白質を使用する。ウイルスの幾つかの変異体は,中和抗体応答を回避するため,異なる速度でウイルスを与えるこの蛋白質で重要な変異を示す。実験的証拠は,コロナウイルス間の交差反応性応答が集団に存在することを示唆するが,異なるコロナウイルス間で共有される潜在的抗原がこれらの応答の原因であることは未知である。本研究は,これらの蛋白質の報告されたBエピトープのレビューと共に,SARS-CoV-2スパイク(S),膜(M)およびヌクレオカプシド(N)蛋白質内の新しい潜在的BおよびT細胞エピトープの予測を提供する。著者らはまた,関心(VOC)および変異型(VBM)の変異体のエピトープに存在するアミノ酸変化を分析し,これらの変化がペプチド免疫原性指数および関連HLA対立遺伝子による抗原提示を変化させる可能性があるので,これらが免疫応答に影響を及ぼす可能性がある。最後に,これらの観察によって,SARS-CoV-2と他のヒトコロナウイルスの潜在的エピトープのレパートリー間の同一性分析を行い,それらの間で保存されるを同定した。ここで示した実験的証拠と共に,一般的なコロナウイルスエピトープに対する抗体及びT細胞交差反応性応答がSARS-CoV-2及びその変異体に対する防御応答の拡大に寄与するという仮説を支持することができた。この証拠はコロナウイルス間の交差反応性応答を理解するだけでなく,感染および/またはワクチン接種により誘導されるSARS-CoV-2に対する免疫におけるそれらの役割の解明にも寄与する。最後に,これらの知見は抗原特異的免疫応答の標的分析を促進し,ヒト健康に関連する他のコロナウイルスに対する「普遍的」保護を理想的に提供する候補を含む新しいSARS-CoV-2ワクチンの合理的開発を指向し,駆動するかもしれない。【JST・京大機械翻訳】

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免疫療法薬・血液製剤の基礎研究

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