gcFront:成長結合細胞工場設計のパレートフロントを決定するツール【JST・京大機械翻訳】

Legon, L.; Corre, C.; Bates, D. G.; Mannan, A. A.

プレプリント

J-GLOBAL ID：202202210522317461 整理番号：21P0269407

gcFront:成長結合細胞工場設計のパレートフロントを決定するツール【JST・京大機械翻訳】

gcFront: a tool for determining a Pareto front of growth-coupled cell factory designs

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発行年： 2022年03月09日プレプリントサーバーでの情報更新日： 2022年03月09日
JST資料番号： O7001B 資料種別：プレプリント
記事区分：プレプリント発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

細胞工場を創り出すための広く適用可能な戦略は,細胞がその最大速度で増殖するときに,化学合成が義務的になるように,細胞代謝を再開する(KO)遺伝子または反応をノックアウトすることである。したがって,合成は成長結合であり,合成におけるより有害ないかなる障害のカップリングも細胞増殖であり,高い生産者表現型を進化的にロバストにする。さらに,これらの菌株が高率で成長し,合成することを望む。ゲノム規模の代謝モデルは,成長-カップル合成のKOsの探索と同定に使用できるが,これらは,探索が困難で遅いという大きな設計空間で稀である。【結果】この多目的最適化問題に取り組むために,著者らは,細胞成長,生成物合成,および結合強度を最大にするKOsを探索する遺伝的アルゴリズムを用いて,gcFrontと呼ばれるソフトウェアツールを開発した。さらに,結合強度の測度は,gcFrontが数分における成長結合設計を見つけるだけでなく,実験室に取れる設計の選択において,単一実行のユーザ柔軟性から多くの代替パレート最適設計を出力する。文書化と作業可能なチュートリアルを有するアベイラビリティと実装は,GitHub:https://github.com/lLegon/gcFrontで自由に利用可能であり,そのリポジトリは,Zenodoで保管され,DOI:10.5281/10d.638595(Legon et al., 2022)である。補足的情報補足的ノートとデータファイルは,オンラインでバイオインフォマティクスで利用可能である。【JST・京大機械翻訳】

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, , , , 【Automatic Indexing@JST】

遺伝子操作 , 細胞生理一般 , 微生物代謝産物の生産

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