抄録/ポイント：
抄録/ポイント
文献の概要を数百字程度の日本語でまとめたものです。
部分表示の続きは、JDreamⅢ(有料)でご覧頂けます。
J-GLOBALでは書誌(タイトル、著者名等)登載から半年以上経過後に表示されますが、医療系文献の場合はMyJ-GLOBALでのログインが必要です。
被覆率と深さの増加におけるB細胞の抗体レパートリーの配列決定は,多数の免疫グロブリン重鎖と軽鎖の同定につながった。しかし,これらの適応免疫受容体Repertoire配列(AIRR-seq)データセットのサイズと複雑性は,探索分析を実行するのを困難にする。データ探索を助けるために,著者らは,B細胞受容体(BCR)と抗体特徴発見を複数のレパートリー間の比較を通して可能にする,R Shinyベースの対話型WebブラウザアプリケーションであるAIRR景観を開発した。入力としてAIRR-seqデータを用いて,AIRR景観は,生殖系列V-遺伝子,生殖系列J-遺伝子およびCDR3長のインタラクティブおよび探索可能なビンにレパートリーを凝集し,ソーティングし,全レパートリーの高レベル見解を提供する。レパートリーの興味深いサブセットを,迅速に同定して,選択し,次に,CDR3モチーフのネットワークトポロジーを,更なる調査のために作り出すことができた。ここでは,3つのウイルス病原体:SARS-CoV-2,HIV-1,およびDENV(デングウイルス)に対する体液性免疫のパターンを調べるため,患者BCRレパートリーと発表されたモノクローナル抗体の配列を用いたAIRR景観を示した。AIRR景観は,HIV-1抗体データセットが限定的な収束と特異的応答を示すけれども,すべての3つの病原体のデータセット間の収束抗体配列を明らかにした。著者らは,GitHubに利用可能なAIRR景観を,免疫情報学者,ウイルス学者,免疫学者,ワクチン開発者,および複数の免疫受容体レパートリーの探求および比較に興味を持つ他の科学者により,そのオープン開発および使用を促進するために利用可能にした。次世代シークエンシングにおける著者のSummary Technologyの進歩は,免疫レパートリーの広範な実験的サンプリングを可能にし,我々の免疫系が感染,ワクチン接種,自己免疫,および癌にどのように応答するかについての洞察を提供する。しかし,これらの「ビッグデータ」のスケールは,複数のレパートリーで共有される重要なシーケンス特徴を生物情報学的に抽出するのを困難にする。AIRR景観によって,著者らは,コマンドラインまたは高度なプログラミングの知識を必要としない大規模な免疫レパートリー可視化と解析を可能にした。オープンソース,インタラクティブ,およびユーザフレンドリーなインターフェースを有するコミュニティを提供することにより,スケールにおける免疫レパートリーを探索するための障壁を縮小する。複数のレパートリーデータセットで共有されるウイルス感染に対する免疫応答の特徴を特性化するためのAIRR景観の使用を実証した。【JST・京大機械翻訳】
